В рекордно короткий срок (4 месяца!) И.Г. Бубнов и его коллеги разработали оригинальный проект первой отечественной боевой подводной лодки, а в середине 1901 г. уже приступили к ее постройке.
Следует заметить, что проект лодки, строившейся вначале под названием миноносца (подводные лодки в русском флоте до 1906 года относились к классу миноносцев) № 113 (затем № 150), по ряду тактико-технических данных превосходил широко известную в то время лодку, построенную фирмой «Голланд» в США: имел большее водоизмещение (113/124 т), большую надводную скорость, большую глубину погружения и два, а не один, как у Голланда, торпедных аппарата. Правда, уступал в дальности плавания и скорости погружения. В ходе постройки новая лодка получила название «Дельфин». В 1904 г. «Дельфин» вступил в строй. Его первым командиром стал капитан 2-го ранга М.Н. Беклемишев.
После первых удачных испытаний «Дельфина» Морское министерство приняло в августе 1903 г. решение о создании более крупной подводной лодки с улучшенными мореходными и боевыми качествами. Согласно принятой в том же году десятилетней судостроительной программе, к 1914 г. предусматривалось построить 10 подводных лодок.
И.Г. Бубнов и М.Н. Беклемишев создали за 4 месяца эскизный проект нового подводного корабля. В январе 1904 г. Балтийский завод получил заказ на строительство сначала одной лодки, получившей название «Касатка» (к началу Русско-японской войны в составе российского военного флота имелась лишь одна подводная лодка «Дельфин»), в феврале – четырех, а в конце марта – еще одной (последняя строилась на средства, собранные Комитетом по сбору пожертвований на усиление флота). Водоизмещение «Касатки» составляло 140/177 т. На вооружении лодка имела уже четыре торпедных аппарата.
Естественно, что в подводных лодках остро нуждались в связи с войной морские силы на Дальнем Востоке. Первой отправили туда в августе 1904 г. по железной дороге крупповскую «Форель». Затем с ноября 1904 г. по март 1905 г. на специальных тележках-транспортерах, созданных рабочими Невского и Путиловского заводов, перевезли во Владивосток подводные лодки «Сом», «Дельфин», «Касатка», «Налим», «Фельдмаршал граф Шереметев», «Скат», а затем летом 1905 г. – «Осетр», «Кефаль», «Бычок», «Палтус», «Плотва» и «Щука». (Перед отправкой с подводных лодок снимали рубки, вооружение, выгружали аккумуляторные батареи. Их доставляли отдельно и устанавливали в пункте нового базирования.) Первый в мире опыт перевозки по железной дороге подводных лодок водоизмещением свыше 100 τ завершился успешно.
Приказом командира Владивостокского порта от 1 января 1905 г. здесь из них сформировали Отдельный отряд миноносцев, вошедший в Крейсерный отряд Тихого океана. Заведующим отрядом назначили лейтенанта A.B. Плотто, который до этого командовал подводной лодкой «Касатка».
К апрелю 1905 г. во Владивостоке находилось