Изменились и сами задачи правосудия. С бухгалтерской точностью в первых статьях Судебника расписываются многочисленные сборы, пошлины и пени, взимаемые судом. Под преступлением Судебник понимает не греховно-преступное деяние или архаическое понятие обиды, нанесенной потерпевшему, а строго формальное нарушение закона – предписания. Судебник почти не считается с обычаем как источником права, оставляя еще место для судебной практики, но в качестве приоритетного источника он подразумевает правовое предписание (закон) и политическую волю правителя (власть).
Государственно-политическая (и территориальная) централизация, сопровождавшая создание Московского царства, отражается в Судебнике, прежде всего, в регламентированной системе организации суда и судопроизводства. Центральные органы власти (царь, Боярская дума, приказы) определяют для периферийных судей весь порядок расследования дел, наиболее важные дела могут рассматриваться вместе с представителями из Москвы («смесные суды»). Судебная процедура вносится на бумагу, процесс предельно формализован и документирован. Целым рядом процедурных моментов обставляются также сделки и договоры (главным образом с недвижимостью, вотчинами и поместьями). В уголовном процессе преобладает розыск, жесткое ведение дела с применением силовых методов и пытки: главная цель – получить признание от подсудимого. Перспектива смертной казни и жестоких наказаний должна была побудить к такому признанию. Долгие годы монгольского ига