Новому правителю требовалось объединить свои владения, для чего устраивались экспедиции против потенциальных мятежников или врагов, во время которых Исмаил подчинил город Тараз, переделав главную церковь города в мечеть. Христиане-несториане были достаточно широко распространены среди тюрков и даже проникли в Китай за несколько веков до правления Исмаила. Свою власть в Трансоксиане Исмаил укрепил при помощи договоров с местными династиями, а также назначая наместниками членов рода Саманидов из близких своих приверженцев. Например, его младший брат, Исхак ибн Ахмед, стал наместником Ферганы вместо другого брата, поддерживавшего Насра против Исмаила. Государство нуждалось в единстве, поскольку схватки с Амром, братом и преемником Якуба ибн Лейса, было не избежать.
В 898 г. Амр находился на пике своего могущества, и Саффариды, так называлась его династия, правили большей частью Ирана. В том же году халиф был вынужден назначить Амра наместником Трансоксианы, сместив при этом назначенного в 893 г., после смерти Насра, Исмаила. И хотя назначение халифом Амра наместником являлось скорее символическим, официально оно означало, что Амр имел право на управление землями севернее Окса вместо Саманидов. Следует упомянуть, что Амр захватил и убил эмира Хорасана Рана ибн Харсаму, назначенного халифом преемником Тахиридов в качестве противовеса Саффаридам. Некоторые источники сообщают, что Ран с Исмаилом были друзьями, поэтому имелся целый ряд причин для враждебных отношений между Саманидами и Саффаридами.
К сожалению, наши источники весьма противоречивы в подробностях войны между Исмаилом и Амром, однако результатом ее явилось пленение Амра в сражении в 900 г. Множество историй о захвате Амра повествуют, будто в плен попал лишь он один, тогда как вся его армия бежала, не потеряв убитыми или пленными ни единого человека. Правда ли это, или Амра пленили после жестокого сражения, как утверждают некоторые другие источники, невозможно проверить. Достаточно лишь сказать, что пленение Амра должно было произвести на современников огромное впечатление, раз об этом событии так много написано. Амра отправили в Багдад, где он был казнен.
Получив от халифа во владение весь Хорасан, Исмаил продолжал добавлять к своим владениям другие области Ирана. В результате это положило конец правлению халифов в Хорасане, поскольку уже после Саманидов больше не возникало притязаний Багдада на эти земли. Нет свидетельств тому, что кто-либо из Саманидов платил регулярные налоги или подати халифу в большей мере, чем это делали Саффариды, хотя время от времени в Багдад отправляли подарки или даже символические суммы подати. Отношения между Саманидами и халифами были более близ кими, чем между Саффаридами или даже Тахиридами и Багдадом. Когда шиитский правитель-еретик из каспийской провинции Табаристан