Принимая все эти дозволенные законом меры, Президент РФ не должен посягать на основы конституционного строя, на неотъемлемые права и свободы граждан, на единство власти в федеративном государстве, на международные обязательства РФ, вытекающие из норм международного права и международных договоров.
Национальное конституционное законодательство всех стран разрешает Президенту РФ временно ограничить или приостановить реализацию ряда политических и гражданских прав и свобод для целей восстановления конституционного правопорядка. Однако и Конституция РФ, и международные договоры с участием Российской Федерации запрещают в любых ситуациях посягать на ряд специально указанных прав и свобод. Так, Европейская конвенция о защите прав человека и основных свобод от 4 ноября 1950 г. и дополнительные протоколы к ней не только устанавливают систему прав человека, но и закрепляют механизм международного контроля за их соблюдением.
В частности, ст. 56 Конституции РФ допускает, что «в условиях чрезвычайного положения для обеспечения безопасности граждан и защиты конституционного строя в соответствии с федеральным конституционным законом могут устанавливаться отдельные ограничения прав и свобод с указанием пределов и срока их действия». В то же время ч. 3 этой же статьи Конституции запрещает в любых ситуациях, в том числе в условиях чрезвычайного положения, ограничивать права и свободы, предусмотренные ст. 20 (право на жизнь), ст. 21 (право на сохранение достоинства личности), ст. 23, 24 (право на неприкосновенность частной жизни и право доступа к документам и материалам, затрагивающим права и свободы личности), ст. 28 (свобода совести и вероисповедания). В условиях чрезвычайного положения ни Президент РФ, ни любой другой орган государства не могут посягать на такие права, как право на судебную защиту; право на обращение в межгосударственные органы по защите прав и свобод человека (ст. 46) и ряд иных прав, направленных на защиту личности обвиняемого (ст. 47–50).
Некоторые права и свободы при введении режима чрезвычайного положения тем не менее могут ограничиваться, о чем должно быть специальное упоминание в указе Президента РФ: свобода передвижений, включая установление ограничений на въезд и пребывание на данной территории иностранцев; свободное перемещение товаров, услуг и финансовых средств; свобода митингов, собраний, забастовок и иных массовых мероприятий; неприкосновенность жилища и транспортных средств. Все данные ограничения оправданы необходимостью скорейшей ликвидацией