Фотій дуже шанобливо зустрів легатів, запросивши їх очолити Константинопольський собор, який мав розсудити його з Ігнатієм. Легати прийняли цю пропозицію й разом з іншими учасниками собору визнали Фотія законним патріархом. Але коли вони повернулися до Рима, Микола заявив, що вони перевищили свої повноваження, скасував прийняте ними рішення й сам узявся за розгляд справи. Собор, що відбувся під його головуванням у 863 році, визнав патріархом Ігнатія, Фотія ж позбавив священного сану. Відбувся явний розрив між Римською і Константинопольською церквами.
Очевидно, що конфлікт був пов’язаний з позицією Папи. Папа Микола був видатним реформатором. Його уявлення про прерогативи Римського престолу було для Римської Церкви традиційним, він багато чого зробив для утвердження абсолютної папської влади над усіма єпископами Заходу. Водночас Папа Микола був переконаний, що його абсолютна влада простирається і на Схід, з чим візантійці, за традицією, погодитися не могли.
У конфлікті між: Ігнатієм і Фотієм Папа Микола бачив прекрасний шанс зміцнити свої домагання на всесвітню юрисдикцію, бажаючи змусити обидві сторони підкоритися своєму рішенню. Проте він добре розумів, що Фотій добровільно погодився на розслідування справи папськими легатами, а тому цей акт не можна розглядати як визнання переваги Папи. Ось чому (поза іншими причинами) Микола скасував рішення легатів. Незабаром суперечка йшла вже не тільки про папські домагання, але і про «філіокве».
Filioque (від лат. – «і від Сина») – навчання латинської церкви про схождення Святого Духа не тільки від Батька, на чому наполягають православні богослови, але й від Сина.
Ще одним приводом для розбіжностей стала місія серед слов’ян, а яблуком розбрату – Болга рія – держава, яку й Рим, і Константинополь однаковою мірою прагнули приєднати до сфери своєї юрисдикції. Болгарський каган (князь) Борис спочатку був схильний прийняти водохрещення від германських місіонерів, але під загрозою візантійського вторгнення змінив політику і близько 865 року прийняв водохрещення від візантійського кліру. Однак Борис хотів бачити Болгарську Церкву незалежною. Коли ж Константинополь відмовився