Против утверждавшего подобное Нестория, епископа Константинопольского с 428 г., и его последователей был собран в 431 г. III Вселенский Собор в Эфесе, который осудил несторианство. Истоки этой ереси лежат в учении епископа Мопсуестии (Малая Азия) Феодора, который писал: «Безумие утверждать, что Бог родился от Девы. Не Бог, но храм, в котором обитает Бог, родился от Девы». Надо сказать, что Феодор Мопсуестийский, родившийся в Антиохии в середине IV в., был крупнейшим богословом и библеистом, духовным лидером антиохийской школы. Согласно Феодору, божественное и человеческое в Христе соединены наподобие духовного и телесного в человеке, и Логос осенил Иисуса уже после Его рождения. Несторий вместо формулы «Бог родился от Марии» предлагал говорить «Бог прошел через Марию», то есть, как и Феодор, четко разделял в Христе божественную и человеческую природы, что противоречит их «нераздельности». Более того, он утверждал, что Бог не страдал вместе с Иисусом и во время крестной Его смерти оставался бесстрастным.
Оппонентом Нестория на Эфесском Соборе был епископ Александрии св. Кирилл, который защищал православное учение о принципиальной нераздельности божественной и человеческой природы во Христе, утверждая, что «Христос, как Бог, есть вместе с тем и человек, и как человек, есть вместе с тем и Бог». От имени Церкви Кирилл зачитал на Соборе следующие слова о Пресвятой Богородице: «Кто не исповедует, что Иисус есть истинный Бог, а потому и Святая Дева – Богородица, ибо она плотски родила Слово Божие, сделавшееся плотью, – тому да будет анафема». Таким образом, Несторий признавал отношение между обеими природами во Христе внешним, а Кирилл – ипостасным.
Мозаика базилики Сан-Витале. Середина VI в. Равенна
Прежде чем перейти к ереси монофизитов, борьба с которой стала главной заботой Церкви в V в., следует упомянуть о донатистах и пелагианах, против которых писал величайший богослов и вероучитель Западной Церкви блаженный Августин. Раскол донатистов возник, по сути, как продолжение деятельности римского пресвитера III в. Новациана, который боролся за строгую дисциплину в среде прихожан и особенно священнослужителей христианской Церкви. Провинившихся община Новациана не допускала даже в ограду своих церквей, а человека, осквернившегося смертным грехом, новациане считали непригодным для совершения таинств.
В доконстантиновское время они поощряли добровольное мученичество и вели аскетичный образ жизни. При этом в IV в. новациане активно выступали против ариан, а сочинение самого Новациана «О Троице» считается