А еще, кроме живописи, мальчик был очарован мелодичными украинскими народными песнями и думами, увлекался музыкой и пением. У Сергея был прекрасный голос, он умел играть на флейте, гармонике, на скрипке и бандуре, на гитаре, виолончели, мандолине. Юноша мечтал об Академии художеств и консерватории, но родители были против увлечений сына, и он стал студентом Харьковского ветеринарного института. Но судьба Васильковского была решена уже в детстве, а решающим фактором в ней стало посещение выставки передвижников, где он увидел полотна А. Саврасова, Н. Ге, И. Шишкина, А. Куинджи и других. В августе 1876 г. Сергей бросил институт на последнем курсе и, наперекор отцовской воле, поступил в Петербургскую академию художеств в класс пейзажной и одновременно батальной живописи.
Его соученик, М.С. Самокиш, говорил, что Васильковский «был исключительно одаренным человеком, с душой, чуткой ко всему прекрасному, тонкий художник, музыкант, чудесный рассказчик с дивным, чисто украинским юмором…» и добавлял: «У Сергея Михайловича была масса прекрасных этюдов с Украины, которые я рассматривал с огромным наслаждением. Он работал много и быстро». И уже в первых своих картинах Васильковский пытался уйти от экзотических и условных итальянских видов. «Вид Киева», «Юг», «Пахота в Малороссии» отличались ярким отображением родной природы, реализмом как пейзажа, так и народного быта, неся в себе эпическую силу и ясность. Несмотря на то что его работы резко отличались от академических требований, начинающий художник получал одну награду за другой.
Успехов Сергей Михайлович быстрее достиг в пейзажной живописи. Но он писал и батальные сцены («Бой запорожцев с татарами»), часто «заселял» свои картины людьми («Плотина Квитки-Основьяненко»). Бытовые и батальные сцены будут присутствовать почти во всех последующих работах Васильковского и станут отличительной чертой его картин.
Не получая никакой помощи от родителей, Васильковский устроился работать ретушером у фотографов. Но жизненные трудности не пугали молодого человека, и в 1885 г. он успешно окончил курс. Его выпускная картина «По Донцу» – «пейзаж с деревьями, фигурами людей и животных на первом плане» – была выполнена уже уверенной техникой. Сергей Михайлович сумел, развернув многоплановую, сложную композицию, придать ей неповторимую естественность, за что был удостоен звания художника первой ступени, Большой золотой медали и права на 4-летнюю пенсионерскую поездку за границу для повышения мастерства.
В 1886 г. художник отправился в Париж. Он, как и большинство российских живописцев того времени, отверг новаторские направления в искусстве (в частности – импрессионизм, которым увлекся его друг Левченко). Неутомимый весельчак и балагур отдал предпочтение тяготеющим к классике «тихим» барбизонцам. Ему так же нравилось изображать величавый восход солнца, спокойную утреннюю