8 (19) сентября 1799 г. Ушаков со своей эскадрой пришел в Неаполь.
К этому времени с севера на Римскую республику двигался австрийский корпус генерала Фрелиха. Однако 1 (12) сентября 1799 г. французский отряд генерала Гарнье разгромил австрийцев при Чивито-Кастеллой.
В такой ситуации Ушаков сформировал в Неаполе русский десантный отряд численностью 818 человек под командованием полковника Скипора. Вместе с отрядом в полторы тысячи неаполитанцев Скипор двинулся на Рим.
Узнав о приближении к Риму отряда Скипора, Гарнье согласился начать переговоры о капитуляции гарнизона. 16 (27) сентября капитуляция была подписана командующим неаполитанской армией маршалом Буркардом и капитаном Траубриджем – командиром британского корабля, пришедшего в Чивита-Веккию. Австрийский генерал Фрелих не согласился с условиями капитуляции, но когда Гарнье снова на него напал и снова разбил его наголову, то Фрелих счел себя удовлетворенным и согласился.
По условиям капитуляции французы получали право свободно выйти из города не только с оружием, но и со всеми награбленными ими вещами и богатствами. Ушаков узнал, что Буркард, действуя явно с согласия кардинала Руффо, просто решил выпустить французов с оружием и обязался даже переправить их, куда они захотят. Это давало французам полную возможность немедленно отправиться в Северную Италию воевать против суворовской армии.
Уже 15 (26) сентября 1799 г., накануне формально подписанной капитуляции Рима, Ушаков с возмущением укорял Траубриджа за дозволение французам спокойно, со всем вооружением уйти из Рима, Чивита-Веккии, из Гаэты, и, не зная еще о совершившихся фактах, Ушаков требовал, чтобы Траубридж продолжал с моря блокировать Чивита-Веккию, потому что иначе освобожденные французы – «сикурс (помощь) непосредственный и немаловажный» для французской армии, сражающейся на севере против Суворова.
Скипор и Балабин получили от Ушакова приказ возвратиться в Неаполь, не продолжая похода к Риму. Кардинал Руффо немедленно написал адмиралу письмо, умоляя его не возвращать русский отряд в Неаполь, во-первых, потому, что французы согласились уйти только под влиянием известий о приближении русских, а во-вторых, потому, что если русские не войдут в Рим, то «невозможно будет спасти Рим от грабежа и установить в нем добрый порядок». Мало того, кардинал Руффо решил уж пойти на полную откровенность и признался, что «без российских войск королевские (неаполитанские) подвержены будут великой опасности и возможно отступят назад».
В итоге Ушаков снова приказал Скипору и Балабину идти в Рим. 30 сентября (11 октября) 1799 г. в первый раз за историю Рима русские войска вступили в Вечный город. Вот что доносил об этом событии лейтенант Балабин адмиралу Ушакову: «Вчерашнего числа с малым нашим корпусом вошли мы в город Рим. Восторг, с каким нас встретили жители, делает величайшую честь и славу россиянам. От самых ворот св. Иоанна до солдатских квартир обе стороны улиц были усеяны обывателями обоего пола. Даже с трудом могли проходить наши войска.