Наряду с королевством Шривиджая, на Яве существовало также королевство Матарам. Там буддизм и индуизм сосуществовали одновременно. Но тем временем, арабские торговцы действовали по всей территории побережья Индийского океана. Мусульманская религия постепенно распостранилась в этом регионе (Малайзия + Индонезия) мирным путём, через купцов и проповедников – никакое другое исламское государство никогда не завоёвывало этот регион. С восточной Индии, с Мелакки, сюда приезжали разные мусульмане; сперва ислам приняли некоторые люди, потом и некоторые вожди северо-запада Суматры, потом почти и вся Суматра. На острове Ява распространение ислама связано с «Вали сонго» – это означает «9 мудрецов», которые постепенно конвертировали население в ислам. Первый из «Вали сонго» был родом из Самарканда, а приплыл на Яву в 1404 году. Постепенно «9 мудрецов» просветили население, а некоторые из них даже стали султанчиками местных яванских райончиков. С Явы ислам распостранился по островам далее на восток, вплоть до Тидоре и Тернате к 1600 году. А прежнее буддийское государство Шривиджая совсем исчезло, и только развалины храмов, типа Борободура, теперь напоминают о нём.
Колонизаторы-европейцы, открыв для себя регион в 1500-х годах, встретили множество разрозненных, относительно независимых, княжеств (султанатов). Оружием и хитростью, пользуясь разобщенностью местных вождей, они заполучили контроль сперва над торговыми путями, а потом и над политической верхушкой индонезийцев. Португальцы, англичане и голландцы заинтересовались пряностями и другими плодами здешних огородов, и активно внедрялись в острова. Торговлей со стороны Голландии (Нидерландов) заведовала Нидерландская Ост-Индийская Компания, в 1798 году начался прямой контроль со стороны Нидерландов; была и попытка англичан завладеть этим кусочком мира, но они уступили: у англичан и так было почти полмира. Сфера владения Нидерландов расширялась постепенно, невзирая на серию антиколониальных восстаний в течение XIX века. В 1920 году голландцы уже владели почти всем архипелагом, кроме восточной половины острова Тимор, который случайно остался португальским.
Освободительное национальное движение возрастало; люди почувствовали себя индонезийцами, и в 1928 году назвали малайский язык (использовавшийся и до того в регионе для межнационального общения) – назвали его «бахаса Индонезия». С тех пор «бахаса» считается отдельным языком, хотя на малайский он ну очень похож. Постепенно люди огромного архипелага стали чувствовать себя объединённым одним народом, хотя именно колонизаторы его объединили в этих границах – но им