Церковные доходы отныне забирались государством, которое лишь небольшую часть средств от монастырских имений выделяло на содержание духовенства. А вся жизнь духовенства и монашества тотально регламентировалась (в особом Духовном Регламенте) самодержавием, не без оснований опасавшимся возникновения оппозиции в этой среде. Государство устанавливало штаты священников, превращённых в чиновников, их обязанности и полицейские функции, превращая их в штатных доносчиков. В монастырях запрещалось иметь в кельях бумагу, собираться более трёх человек в одном помещении (во избежание крамолы). За все нарушения полагались суровые телесные наказания или казнь. Численность духовенства и монашества была сокращена в несколько раз. Запрещался переход из монастыря в монастырь и общение монахов с мирянами.
В 1721 году по приказу царя Синод издал постановление о допущении браков православных с неправославными. Пётр I всемерно покровительствовал протестантам. В начале XIX века Н.М. Карамзин печально констатировал: «Со времён петровских упало духовенство в России. Первоосвятители наши уже только были угодниками царей и на кафедрах языком библейским произносили им слова похвальные». А священник В. Росминский спустя ещё сто лет, в начале XX века высказывался ещё категоричнее, говоря, что русская церковь «с тех пор, когда Петром Великим окончательно было выработано её устройство… перестала быть по учению Христа, – собранием верующих. Она стала министерством духовной полиции, и духовенство сделалось не служителями церкви, не наставниками веры, а полицейскими чиновниками веры».
Педантичный Пётр I повёл решительную борьбу со всеми проявлениями религиозной жизни, не подконтрольными империи и не предписанными самодержавием. Так, за распространение слухов о ложных чудесах указ царя грозил ссылкой на вечные каторжные работы. Император всерьёз запретил как канонизацию новых святых (и старых хватит!), так и… мученичество своих подданных! (Ибо мученики не нужны, и подозрительны.) Специальный указ Синода от 16 июня 1722 года гласил «о недействительности самовольного страдания, навлекаемого законопреступными деяниями» – иначе, о невозможности стать мучеником без приказа и соизволения начальства. Таким образом, вся недозволенная государем религиозная жизнь (с чудесами, мучениками и святыми) отныне запрещалась.
Были усилены гонения на несгибаемых староверов, обложенных чудовищными податями, а их скиты на Севере были уничтожены. В 1722 году староверам предписали носить особый – откровенно оскорбительный и позорный – наряд. Язычников – чувашей, якутов и других принудительно и насильственно крестили в православие, не останавливаясь ни перед чем. При Петре было предпринято наступление и на мусульман – подданных России (с разрушением мечетей, заковыванием в кандалы не желающих креститься и т. д.), поскольку унифицированной