Несмотря на то что хатт-и хумайюн 1856 г. предоставлял османским миллетам право реформироваться, самостоятельно они этого сделать не пожелали. В результате Порта, подталкиваемая западными державами, сама инициировала и уже контролировала «перестройку» («танзимат») системы миллетов. В период с 1860 по 1866 г. три «исторических» миллета зимми были вынуждены провести самореорганизацию. Рум миллет баши справедливо опасался того, что навязываемые Османами реформы в дальнейшем лишат его права представлять перед Портой интересы всего православного миллета Османской империи. В результате серии реформ 1860–1862 гг. был выработан, принят и утвержден султаном свод законов (‛низам-наме)33 Константинопольского патриархата (называемый нередко модным словом «конституция»), который урезал прерогативы и властные полномочия рум миллет баши. Армянский миллет, серьезно обеспокоенный угрозой раскола в своих рядах и переходом части паствы в католицизм и протестантизм, также пошел в 1863 г. на реформирование (859, с. 28). В результате церковного «танзимата» к патриаршим выборам рум миллет баши и эрмени миллет баши в Стамбуле стали допускаться светские лица (купцы и ремесленники), вошедшие в состав синодов Константинопольского (Вселенского) и Армянского патриархатов. Эти синоды превратились в руководящие церковные органы, тогда как обязанности патриархов были сведены в основном к религиозным вопросам. В 1864–1865 гг. по примеру двух «старших» миллетов иудеи тоже стали вводить новую «конституцию» в своем миллете, чтобы таким образом успокоить Порту и продемонстрировать ей свою лояльность. Однако «перестройка» в иудейском миллете, в отличие от православного и армянского миллетов, носила в основном «косметический» характер (там же, с. 28; 857, с. 743).
По мнению британского ученого Родерика Дэвинсона, в результате реформ танзимата Османам удалось пробудить чувства национального самосознания в рядах этноконфессиональных меньшинств. Аналогичная задача стояла перед Портой при подготовке конституции 1876 г., действовавшей в стране всего лишь два года после принятия ее парламентом, который был распущен в 1878 г. султаном Абдул Хамидом II (1876–1909 гг.), приостановившим также действие конституции (829, с. 135).
Вводимая Османами реформа религиозных общин поставила все миллеты под контроль и регулирование правительства. В соответствии с Законом об образовании (1869 г.) Порта пыталась распространить свой контроль над школами миллетов. Эти действия вызывали жалобы патриархов и даже их отставки в знак протеста. К концу XIX века стало очевидно, что, несмотря на видимое расширение прав и свобод, дарованных немусульманским миллетам, источником и гарантом этих прав все чаще стали выступать