Транспорт «Обсерваториум» БФ (лейтенант С. Ф. Байков). В 1800 г. перевозил грузы между портами Финского залива. 5 мая 1800 г., следуя из Питкопаса в Роченсальм шхерным фарватером, по вине лоцмана при входе на Роченсальмский рейд дважды ударился о неизвестные, не нанесенные на карту подводные скалы и затонул. Экипаж был спасен. Транспорт впоследствии был поднят и отремонтирован.
Транспорт «Цвей брудер № 2». БФ (лейтенант Е. П. Борисов). В 1800 г. перевозил грузы между портами Финского залива. 26 сентября 1800 г. по пути из Ревеля в Кронштадт в корпусе открылась сильная течь. Командир решил зайти в шхеры, но транспорт налетел на банку у маяка Урренгрунт и разбился. Экипаж был спасен.
Транспорт «Грибсвальд» БФ (мичман А. Ф. Изыльметьев). В 1803 г. перевозил грузы между портами Финского и Рижского заливов. 9 октября 1803 г. на пути из Кронштадта в Ригу с грузом продовольствия разбился у г. Виндава. Погибли командир и 7 матросов.
Галиот № 5 КФл (лейтенант Д. Д. Челеев). Участвовал в войне с Персией 1803–1813 гг. 23 июня 1805 г. в составе отряда капитан-лейтенанта Е. В. Веселаго высаживал десант в Энзели. 24 июня галиот разбился, сев на мель у Энзели.
Транспорт «Минерва» БФ (лейтенант А. А. Клавер). Летом 1805 г. перешел из Кронштадта в Любек, а затем в Копенгаген, где остался на зиму. В начале мая 1806 г. с двумя кораблями вышел из Копенгагена в Кронштадт. 4 мая разлучился с ними, сел на мель и не смог самостоятельно с нее сняться. Экипаж и груз были спасены, а корпус судна впоследствии продан.
Галиот «Святой Иаков» БФ (П. А. Игнатьев). В 1806 г. перевозил грузы между портами Финского залива. 28 июля 1806 г. на переходе из Нарвы в Ревель сел на камни у мыса Лативанеми и 31 июля был окончательно разбит волнами.
Бриг «Язон» ЧФ (лейтенант Г. П. Лобысевич). 17 марта 1807 г. вышел из Севастополя в Одессу. На следующий день в густом тумане ударился о риф у мыса Тарханкут. Бриг разбился, а экипаж и груз были спасены.
Фрегат «Аргус» БФ (капитан-лейтенант А. А. Чеглоков). Участвовал в войне со Швецией 1808–1809 гг. В 1808 г. находился в Свеаборге в готовности к отражению атаки противника. 22 октября направился из Свеаборга в Ревель, но налетел на банку Девельсей (Курадимуна) из-за нерешительности командира, только что вышедшего наверх, с какой стороны оставить ее. Фрегат не смог самостоятельно сняться с банки и к 25 октября был разбит волнами. Экипаж был спасен, командир покинул судно последним. По суду командир был приговорен «в рядовые за небытность наверху в следовании опасными местами», но в уважение заслуг был арестован на месяц. Штурман и вахтенный начальник за своевольное изменение курса были приговорены к «лишению живота», но по конфирмации были разжалованы в матросы, первый на 6 месяцев, а второй до выслуги.
Фрегат «Полукс» БФ (капитан-лейтенант П. Ф. Трескевич). Участвовал в войне со Швецией 1808–1809 гг. В 1809 г. крейсировал в Финском заливе