К началу апреля 1900 г. в условиях сравнительно суровой зимы удалось расправиться с камнями, временно заделать часть пробоин и разгрузить броненосец примерно на 500 т. 8 апреля «Ермак» предпринял неудачную попытку стащить корабль. Через три дня попытку повторили, затопив кормовые отделения «Апраксина» и помогая «Ермаку» паровыми и береговыми ручными шпилями. Броненосец наконец тронулся с места и к вечеру с введенными в действие собственными машинами отошел на 12 м назад от каменной гряды.
13 апреля по проложенному «Ермаком» каналу он перешел в гавань у Гогланда, а 22 апреля благополучно ошвартовался в Аспэ, у Котки. В корпусе броненосца оставалось до 300 т воды, которую непрерывно откачивали насосами. 6 мая «Генерал-адмирал Апраксин» в сопровождении крейсера «Азия» и двух спасательных судов прибыл в Кронштадт, где вскоре был поставлен на ремонт в док. Ремонт поврежденного броненосца, оконченный в 1901 г., обошелся казне более чем в 175 тыс. руб., не считая стоимости спасательных работ.
Крейсер «Богатырь» во время Русско-японской войны 1904–1905 гг. входил во Владивостокский отряд крейсеров. Утром 2 мая 1904 г. командир отряда контр-адмирал К. П. Иессен вышел на «Богатыре» (капитан 1-го ранга А. Ф. Стемман) для того, чтобы лично ознакомиться с условиями морской обороны Посьетского района. С утра стоял настолько густой туман, что крейсер проходя через боны, чуть не попал на один из них. В проливе Босфор Восточный пришлось из-за тумана стать на якорь, и было даже решено возвратиться на рейд, если туман не разойдется к 10 часам. Но начало рассеиваться, и несмотря на протесты командира крейсера, адмирал решил идти дальше. После выхода в Амурский залив видимость значительно улучшилась, стали ясно видны отдельные острова, и горизонт очистился.
Проложив курс на остров Сибирякова, корабль направился в море, идя посередине Амурского залива с 15-узловой скоростью. Однако туман снова сгустился. Пришлось снова уменьшить ход до 10 узлов, несмотря на протесты командира, который считал, что ход надо уменьшить до 7 узлов.
Время подошло к 11.30. По традиции царского флота в воскресные дни (2 мая было воскресенье) адмирал и командир корабля обедали в общей офицерской кают-кампании. Они спустились с мостика в кают-кампанию. На мостике остались старший штурман и вахтенный начальник.
Туман тем временем сгустился. Крейсер продолжал идти с 10-узловой скоростью по счислению. Имея приказание К. П. Иессена изменить курс влево, не доходя на 3 мили до острова Антипенко, старший штурман в расчетное