Впервые проект закона о введении подоходного налога рассматривался в мае 1905 г. в Комиссии при Министерстве финансов под председательством Н.Н. Кутлера, причем, естественно, главную роль в ней играл Покровский. Разработка экономических реформ происходила параллельно с подготовкой и осуществлением политических реформ, главной из которых современники считали Манифест 17 октября 1905 г. В нем император Николай II предписывал правительству подготовить предоставление россиянам гражданских прав и свобод (личности, совести, слова, собраний и союзов), расширение избирательного права и преобразование законосовещательной Государственной думы, учрежденной Манифестом 6 августа 1905 г., в законодательную. Покровский, будучи сторонником и политических реформ, как и многие другие либеральные сановники, полагал, что «в том виде, в котором Манифест увидел свет, он удовлетворит широкую общественность и наступит успокоение». На следующий день, 18 октября, В.Б. Лопухин, служивший и в этот период под началом Покровского, явился на очередное заседание совещания по подоходному налогу. «Николай Николаевич, – вспоминал Лопухин, – встретил меня словами: “Ну, теперь беспорядкам конец. Теперь все успокоится”. Он не ожидал, что в тот же день “беспорядки” вспыхнут с новою силою»[51]. Между тем 14 марта Николай II утвердил Меморию Совета министров 7 марта 1906 г., содержавшую программу налоговых реформ[52]. Покровский справедливо смотрел на эти реформы «не как на нечто неожиданное, не как на ответ запуганного правительства на требование левых партий, а как на естественный и необходимый вывод из всей предшествующей нашей податной истории»[53].
В конце мая – начале июня 1906 г. под председательством Покровского заседало Особое совещание по вопросу о сборе дополнительных сведений относительно доходов, подлежащих обложению подоходным налогом. Роль Покровского в деле реформирования налоговой системы была такова, что в июле 1906 г. Коковцов провел его в товарищи министра финансов, ведающего в том числе и Департаментом окладных сборов.
В должности товарища министра Покровский довел законопроект о подоходном налоге до окончательной редакции. На заседании Совета министров 24 октября 1906 г. Покровский лично доложил кабинету П.А. Столыпина содержание законопроекта, получившего, хотя и не единогласное, одобрение правительства[54]. Особый журнал Совета министров «По вопросу о введении в России подоходного налога» Николай II утвердил 26 января 1907 г.[55], и уже 23 февраля, через три дня после открытия II Государственной думы, Коковцов внес законопроект о подоходном налоге в нижнюю палату[56]. Кроме того, правительство, с последовавшего 15 февраля 1907 г. одобрения монарха, внесло в Думу и два других, не менее важных в социально-экономическом смысле