Подводная лодка могла погибнуть на минных заграждениях при их форсировании или была атакована противолодочными силами противника в районе Гамвика. Об успешных действиях С-55 в этом Боевом походе косвенно говорят сведения об атаке 8 декабря немецкого прибрежного конвоя в устье Тана-фьерда (в пределах позиции подводной лодки). Немцами было зафиксировано нападение на конвой подводной лодки, в ходе которого одна из торпед попала в корму норвежского транспорта «Wadler» (водоизмещение 1016 тонн), торпеда не взорвалась. В ходе атаки подводная лодка пострадать не могла, немцами подводная лодка обнаружена не была, а торпеды атакованным судном были обнаружены на расстоянии 70 – 100 метров от борта. Охранявшие конвой немецкие охотники контратаку подводной лодки не производили, оставались на своих местах в ордере. На борту подводной лодки погибло 52 подводника.
С-54 после перехода на Северный флот совершила 4 Боевых похода в ходе которых выполнила несколько торпедных атак. Успеха в Боевых походах экипаж не добился, командиру не хватило мастерства и удачи. В свой последний – пятый – поход подводная лодка вышла 5 марта 1944 года. После этого С-54 на связь не выходила и в базу не вернулась. Поскольку боевая деятельность подводной лодки не была зафиксирована противником, вероятной причиной гибели считается подрыв лодки на минном заграждении NW-31, выставленном минным заградителем «Ostmark» в районе Конгс-фьерда в июле 1943 года на удалении до 7.5 миль от берега. Скорее всего, подрыв на мине произошел в первые дни похода, когда подводная лодка подходила к берегу на перископной глубине. На подводной лодке погибли 50 подводников.
Долгие годы на Тихоокеанском флоте ни на одном мемориале не были увековечены имена тихоокеанских подводников, воевавших и погибших во время Боевых действий в составе Северного флота. Только после 2005 года подводники двух северных «эсок» вновь были признаны тихоокеанскими – сначала в Книге Памяти подводников-тихоокеанцев, впоследствии и на мемориале «Боевая слава ТОФ» появились списки с фамилиями экипажей подводных лодок С-54 и С-55.
Накануне 65-летия Победы советского народа в Великой Отечественной войне во Владивостоке подводниками восстановлена историческая справедливость – на мемориале «Боевая слава ТОФ» установлены памятные плиты с фамилиями экипажей подводных лодок Тихоокеанского флота, погибших в 1941 – 1945 годах. Долгие годы, с далекого 1982 года, когда был открыт мемориал «Боевая слава ТОФ», на стене памяти среди нескольких тысяч приморцев, погибших в Великой Отечественной войне, не было фамилий моряков