1939 год
15 мая 1939 года в 4-ю БПЛ из 1 морской бригады передали надводный минный заградитель «Теодор Нетте» для использования под плавбазу.
17 мая 1939 года на основании приказа командующего ТОФ №-0087 25 ДПЛ 2-ю БПЛ в полном составе передислоцировали в Совгавань с подчинением командиру Отдельного морского отряда СГУР и исключен из состава 2-й БПЛ.
4 октября 1939 года в соответствии с постановлением СНК СССР и приказом наркома ВМФ командующий ТОФ издал приказ о формировании в составе ВМФ Северной Тихоокеанской военной флотилии. В состав СТОВФ кроме надводных кораблей вошли 31 ДПЛ (ПЛ тип «Щ») и 25 ДПЛ (ПЛ тип «М») и их береговые подразделения.
23 октября 1939 года на основании директивы ВМС РККА и приказа по бригаде № – 0046 подводные лодки М-82, М-84, М-85, М-86, прибывшие с КБФ и подводные лодки М-53, М-56, М-57, прибывшие с ЧФ, под номерами М-43, М-44, М-45, М-46, М-47, М-48, М-49 соответственно вошли как 26 дивизион, во 2-ю БПЛ, за исключением подводной лодки М-49, которую первоначально зачислили в 22 ДПЛ, а затем в 24 ДПЛ. В состав второй бригады вошли прибывшие с Краснознамённого Балтийского флота подводные лодки М-43 (бывшая М-82), М-44 (бывшая М-84), М-45 (бывшая М-77) и М-85, М-46 (бывшая М-78) и М-87); с Черноморского флота М-47 (бывшая М-53), М-48 (бывшая М-56), М-49 (бывшая М-57).
С августа по ноябрь 1939 года вошли в строй подводные лодки Л-17, Л-18, Л-19. БПЛ в полном составе передислоцировали в Совгавань с подчинением командиру Отдельного морского отряда СГУР и исключен из состава 2-й БПЛ.
В 1939 году подводная лодка М-16 по итогам боевой и политической подготовки заняла первое место на флоте. Лучшими подводными лодками на флоте объявлялись: М-8, М-12, М-16, М-21. Команды этих подводных лодок постоянно перекрывали нормы пребывания в море, и все расчеты во времени, дальности и длительности плавания в надводном и подводном положениях.
1940 год
20 мая 1940 года на основании приказа командующего ТОФ № – 0212 22 ДПЛ в составе подводных лодок М-7, М-8 М-9, М-10, М-11 и М-12 передислоцировали в залив Владимир и подчинили командиру Владимиро – Ольгинской ВМБ. 22 ДПЛ был исключен из состава 2-й БПЛ, а подводные лодки М-23 и М-24 – прикомандированы к 25 ДПЛ в Северную Тихоокеанскую флотилию.
5 июня 1940 года на основании приказа командующего ТОФ № – 0048 26 ДПЛ в составе подводных лодок М-43, М-44, М-45, М-46, М-47 и М-48 передали в 5-ю БПЛ. 23 июня 1940 года в 34 дивизион 3-й БПЛ из 1-й БПЛ передали подводную лодку Щ-133, а 10 сентября того же года в состав 3-й БПЛ вошла подводная лодка Щ-423, прибывшая с Северного флота. 5 июля 1940 года на основании приказа командующего ТОФ №-0300 подводная лодка М-21 и М-22 вошли в состав Учебного отряда подводного плавания ТОФ. 15 июля 1940 года на основании приказа командующего ТОФ №-0282 в 1-ю БПЛ ТОФ сформировано управление 15 ДПЛ ПЛ тип «С». 31 августа 1940 года приказом командующего ТОФ №-0509 вступившие в строй подводные лодки М-30 и М-63 вошли в состав 24 ДПЛ 2-й БПЛ.
10 ноября 1940 года прибыли с Балтийского флота по железной дороге подводные лодки М-30, М-63 XII серии, включены в состав 24 ДнПЛ. Подводные лодки М-25, М-26, М-27, М-28 переданы в состав Северной Тихоокеанской флотилии и убыли в Советскую Гавань. 20 ноября 1940 года приказом