В 1884 году в Яёймати, находящемся в Токийском районе Хонго, была обнаружена керамика еще одного типа. Эти изделия, изготовленные на гончарном круге и почти всегда лишенные каких бы то ни было декоративных украшений, были обнаружены в археологических ассоциациях с керамикой бронзового века. Данная находка дала толчок началу исследований, которые помогли определить характерные черты керамики данного периода, носящего название Яёй. Для получения информации об этом времени было необходимо провести раскопки ряда объектов, зачастую расположенных на достаточно удаленных друг от друга участках. Работы велись в деревнях, на остатках древних рисовых полей, кладбищ и в местах обнаружения кладов. К счастью, многие находки были сделаны в 30-х годах XX века и позже – тогда, когда археологи уже взяли на вооружение более современные научные методы. При таких широкомасштабных исследованиях особо эффективным оказалось умение японских ученых работать единой командой. Отчеты о результатах раскопок публиковались Комиссией по охране культурных ценностей при правительстве страны.
Исследования железного века и доисторического периода в определенном смысле были сопряжены с различными сложностями. Возможно, это объяснялось сакральным характером хроник, повествовавших о жизни императорского двора в течение этих веков, а также отсутствием необходимости или желания вникать в суть этих записей. К 1920 году Косаки Хамада из университета города Киото, используя сравнительный анализ материалов дальневосточных культур, вывел замкнутые на изучении местной культуры археологические исследования на международный уровень. В эти годы начались первые систематические изучения сотен могильных курганов – наглядных свидетельств жизни привилегированных классов раннего периода истории страны. Данные работы проводились учеными из Киото под руководством Суёдзи Умехары. Итогом четырех десятилетий активных исследований Умехары стало появление сотни книг, посвященных археологии Дальнего Востока, и в девять раз большего числа статей. Правительства префектур со своей стороны спонсировали изучение и раскопки находящихся на их территории захоронений и других памятников древности. Сейчас все крупные университеты имеют отделения археологии, где работают квалифицированные преподаватели. Они проводят раскопки на регулярной основе,