В конце лета и начале осени 1641 г. король был в Эдинбурге, где, ошибочно считая, что всех людей можно завоевать королевскими милостями, создал правительство, состоявшее из его бывших врагов, которых щедро осыпал благодеяниями и титулами, чтобы в дальнейшем они – Карл верил в это – блюли его интересы, как свои собственные.
Две жизненно важные части английской власти оставались незатронутыми. Король имел право выбирать и назначать своих советников и высших государственных чиновников и осуществлял верховный контроль над вооруженными силами своего королевства. В мирное время они состояли только из отрядов милиции, но в случае возникновения в стране чрезвычайного положения ему полагалось набирать и организовывать армию.
В октябре 1641 г., когда он еще был в Шотландии, такая необходимость возникла. Его ирландские римско-католические подданные подняли восстание. Они боялись – и имели для этого все основания, – что победа пуританского парламента в Англии приведет к применению репрессивных мер в отношении их религии и к дальнейшему захвату их земель шотландскими и английскими поселенцами. Восставшие носились по стране, выгоняя поселенцев из их домов. Они заявляли, что намерены вернуть королю его права, и уверяли, что имеют королевский ордер на свои действия.
Ирландское восстание ускорило кризис. Нужно было создать армию, чтобы его подавить, но в парламенте Англии многие сомневались, можно ли давать королю (за которого, по их утверждению, сражались ирландцы) контроль над армией. Король, со своей стороны, был уверен, что никто, кроме него, не должен иметь власть над войсками, официально созданными в его владениях. Таким образом, для Пима ирландское восстание стало сигналом к атаке на то, что осталось от королевской власти. В направленном королю английским парламентом послании о мерах, которые нужно принять против ирландских бунтовщиков, содержалось требование в будущем не назначать советников, не получивших одобрение парламента. Почти в то же самое время один из самых верных сторонников Пима в палате общин Оливер Кромвель сделал открытую попытку диктовать королю военные назначения, настаивая, чтобы милиция на юге Англии была передана под командование пуританина графа Эссекса.
18 ноября 1641 г. Карл выехал из Эдинбурга. За неделю, которую он потратил на дорогу до Лондона, Джон Пим