Благодаря успешному дебюту Atlus выпустила продолжение в 1990 году, Digital Devil Story: Megami Tensei II. Сиквел по-прежнему был основан на вселенной Ниситани, но в еще более вольном исполнении, а Накадзима и Юмико, герои предыдущего эпизода, пропали из повествования окончательно. Вторая игра осталась верна геймплею первой, но в ней появился элемент, ставший ключевым для Shin Megami Tensei: мрачный сюжет в апокалиптических декорациях.
В 1990-х мир был опустошен ядерными бомбардировками, и выжившие после катаклизма вынуждены скрываться в подземных убежищах. Новый эпизод начинается в 2036 году, когда двое друзей запускают видеоигру под названием Devil Busters в убежище № 3 в Кэйхине. Победив первого игрового босса, они невольно пробуждают демона Пазузу. Он предупреждает их о грядущей опасности и дарит программу для призыва демонов, с помощью которой им предстоит сразиться с божеством Баалом, намеревающимся захватить мир. На убежище вдруг нападают демоны, и двое друзей оказываются втянутыми в долгое и мрачное путешествие с целью спасти последних представителей человечества.
В Megami Tensei II появилась еще одна концепция, в дальнейшем ставшая дорогой для студии Atlus: в игре теперь несколько концовок, ведь сделать только один финал было бы слишком просто. Раз история комплексная, то ее разрешение должно это подчеркивать, и авторы из Atlus начали проверять игроков на прочность, забавляясь с их эмоциями и моральными устоями. Интеграция нескольких концовок (хорошей, плохой и даже нейтральной) стала отличным способом вовлечь аудиторию и впоследствии превратилась в самостоятельный элемент дизайна. В Persona 4: The Golden, окончательной версии игры для PS Vita, игроку доступны семь концовок, а увидеть истинный финал без поиска подсказок в интернете – более чем сложная задача.
Итак, в Megami Tensei II необходимо