Независимо от того, были ли перемены в персонале и атмосфере студии добровольными или стали следствием финансовых проблем, они обозначили настоящий поворотный момент в истории франшизы. Хотя Окада и Канэко с самого начала хотели сделать игру для широкой публики, между Persona 3 и ее предшественницами все же ощущается огромная разница в графическом и сценарном исполнении.
За разработку отвечал Кацура Хасино, сменивший Кодзи Окаду на его посту. Кацура работал над несколькими играми Atlus, включая Shin Megami Tensei If…, знаменитую отправную точку серии Persona. Кадзума Канэко передал позицию арт-директора своему помощнику Сигэнори Соэдзиме: внеся собственные штрихи в последующие игры, он старался максимально придерживаться стиля Канэко, чтобы не разочаровать бывалых поклонников. Тем не менее два художественных направления заметно различаются, и Соэдзима привнес в серию нотки фантастической манги 2000-х – на этом этапе Persona однозначно приобретает современный характер. Что касается написания сценария, Тадаси поручил эту задачу Ёитиро Танаке: он считается одним из лучших игровых авторов благодаря своей работе над Persona 3 и 4, но он довольно скрытный человек, из-за чего нечасто дает интервью и редко появляется на публике при продвижении игр.
Persona 3 ознаменовала совершенно новое начало для студии: впервые авторам удалось завлечь и энтузиастов RPG, и более широкую аудиторию. Однако упрекать их не в чем – игра не стала более легкой, как можно было бы подумать, хоть новая часть и сильно отличается от трех предыдущих. Кацура Хасино защищает желание создать «казуальную» игру вопреки намерениям изначальной команды: «Честно говоря, мы никогда не хотели делать наши игры „казуальными“, как вы сказали. Наша цель состояла в том, чтобы выпустить приключение, доступное молодым фанатам RPG. Тот факт, что в этот раз игрой смогла насладиться более широкая аудитория, произвел на игроков иное впечатление по сравнению с предыдущими частями. Я хочу, чтобы как можно больше людей играли в проекты от Atlus. В этом заключается мое стремление, и оно останется неизменным, пока я работаю в студии».
Atlus ищет новую аудиторию и поэтому стремится «осовременить» свои игры как в визуальном плане, так и в геймплейном. Хасино фокусируется на механиках, способных порадовать игроков: он хочет привнести что-то новое, а не полагаться на существующие задумки или концепции из предыдущих частей Persona. Хасино считает, что «идеи должны ощущаться свежо независимо от темы.