Дилогия Persona 2 сама по себе кажется аномалией во вселенной Persona. В первую очередь это связано с ее главным героем – даже несмотря на то, что в Innocent Sin его можно переименовать, он пользуется именем по умолчанию (Тацуя) и под ним же далее появляется в Eternal Punishment. Разработчики не просто сделали прямое продолжение игры, но и осмелились поменять протагониста, рискуя оттолкнуть некоторых игроков: не все были готовы к внезапно начавшему говорить молчаливому герою первой части или к новой героине в лице безмолвной Маи. Последняя стала протагонистом сиквела, но переименовать ее невозможно, поскольку она уже существует в первой игре под именем Мая Амано. Здесь стоит отметить самую удивительную черту Persona 2: точка зрения игрока в сиквеле кардинально меняется. На время приключения проблемы подростков и их школьные формы остаются позади, все герои становятся взрослыми, а самые юные персонажи Innocent Sin, кроме Тацуи, появляются лишь мельком.
Eternal Punishment – сиквел, но это не означает, что игру просто разрубили на две половины. Каждая часть представляет собой самостоятельное произведение, такое же богатое и детальное, как и другая. Они зеркально отражают друг друга, особенно в начале, когда Мая снова расследует загадку Джокера, а в игре появляется связанный со слухами геймплей, однако сюжет и действия Ньярлатотепа рассматриваются с перспективы взрослого человека. Именно во время написания сценария Innocent Sin Сатоми Тадаси стало ясно, что ему необходимо рассказать историю с другой точки зрения: ее нельзя полностью раскрыть или правильно закончить, пока она остается в рамках мира подростков. Поэтому дизайнеры интегрировали персонажей из Eternal Punishment по ходу создания Innocent Sin, даже если их участие осталось незначительным.
Разработка Eternal Punishment началась сразу после выхода Innocent Sin с той же командой разработчиков, геймплеем и сюжетной структурой. Когда авторы собрались вместе перед началом проекта, они учли то, чему научились в ходе разработки и благодаря реакции публики на Innocent Sin. Они также обнаружили, что их задумки выходят далеко за рамки первоначального плана, о чем Кодзи Окада говорит следующее: «Самой большой проблемой было решить, что же мы все-таки оставим в игре. Отзывы и пожелания всей команды сильно превзошли ожидания. Мы размышляли о том, чему научились в Persona 2: Innocent Sin, что мы могли бы улучшить в игре, – например, систему слухов. Так что конечное наполнение проекта стало намного обширнее, чем планировалось. Получилось удачно, но нам все же пришлось собраться вместе и договориться о том, что мы в итоге сможем включить в игру. Это было непростое решение». Как по части атмосферы, так и в геймплее авторы стремились показать противоположность