Строительство в обители требовало много денег, пожертвований и даров не хватало. Игуменья Митрофания решилась на мошенничество, вследствие чего была осуждена и в 1874 г. отправлена в Ставропольский Иоанно-Мариинский женский монастырь. Позднее в искупление грехов она совершила паломничество в Иерусалим.
Покровскую общину передали в ведение Московской городской думы. В начале XX века в ней состояло до 20 лиц монашеского звания и 210 сестер милосердия. В приюте общины воспитывались 17 детей, в шестиклассной школе обучались 82 воспитанника и в фельдшерской школе 21 ученик. Продолжали работать школа шелководства, приемный покой для приходящих больных и аптека. Существовал дом призрения для престарелых монахинь и сестер милосердия.
В 1908 г. игуменьей общины стала Ювеналия (в миру Т.А. Марджанова, впоследствии схии-гуменья Фамарь). Она глубоко почитала преподобного Серафима Саровского, и ее трудами на третьем этаже бывшего дворца, с правой стороны на хорах Воскресенской церкви устроили придел Серафима Саровского, освященный 26 мая 1909 г. Матушка Ювеналия в 1910 г. основала Серафимо-Знаменский скит в Подольском уезде (сейчас поселок Битюгово Домодедовского района-на), где и стала вести скитскую жизнь.
Последней Покровскую общину возглавляла игуменья Антония (Аристова), которая, будучи сестрой милосердия, участвовала в русско-турецкой войне 1877–1878 годов и в русско-японской войне 1904–1905 годов. Община существовала до середины 1920-х годов, и больница все еще принимала больных. Церковь Воскресения Словущего закрыли в 1924 г., и здание дворца отдали под квартиры. В соседнем здании (Романовская больница) открыли роддом. В 1932–1934 гг. центральная часть здания была перепланирована, из церкви устроили вторую лестничную клетку. Н.И. Якушева в 1950-е гг. со слов жильцов, живших в бывшем здании Покровской общины, записала о последних днях жизни ее членов: «Мать Антония и с ней еще две монахини, достигшие почти 90-летнего возраста, остались при доме, но их переселили в подвал, а в 1930 г. лишили продовольственных и хлебных карточек. Так что они питались подаяниями части сочувствовавших старухам жильцов».
До середины XX века в комнатах оставались лепнина и росписи, исчезнувшие при последующих ремонтах. В 1979 г. жильцов из здания выселили. Предполагалось реставрировать его, но к 1984 г. затеянный ремонт не был доведен даже до половины. В 1980-е гг. в здании располагалось много различных организаций. Большая часть здания принадлежала системе Госагропрома СССР – организации «Всесоюзный государственный