1) подводные камни, разбросанные по одиночке по руслу или лежавшие группами;
2) карчи – затонувшие деревья и коряги, встречавшиеся в большом количестве в нижней части реки;
3) незначительная глубина некоторых перекатов;
4) незнание фарватера реки сплавщиками.
Затем начались ежегодные работы для устранения этих препятствий. Подводные камни взрывали динамитом и убирали из русла реки на берег с помощью ворота или вручную. Также убирали затонувшие деревья и коряги. В 1901 году для этого даже использовали специальную карчеподъемницу. Русло на мелководных перекатах углубляли с помощью гребней с лошадиной тягой и ручными черпаками. В сложных для прохождения местах ставили специальные навигационные знаки для сплавщиков.
Зимой 1896—07 года в качестве эксперимента построили струенаправляющие и водостеснительные сооружения для поднятия воды на Бушменевском перекате. В итоге уровень воды на перекате поднялся на 3 вершка (13 см), что позволило судам беспрепятственно проходить через перекат в меженное время. Сохранились фотографии со строительства этих сооружений. В следующие две зимы за счет Волжско-Вишерского общества были построены водостеснительные сооружения и на других перекатах.
В 1897 году поднимавшийся вверх по реке Ф. А. Мейер встретил трудившихся над расчисткой фарватера рабочих. Позже он писал в очерке «По Вишере»: «Часу в первом дня мы были как раз на половине пути до Усть-Улса, проплыли 22 версты, и лодочники изъявили желание отдохнуть. У берега стоят две большие закрытые лодки; на берегу устроена из кольев и бересты небольшая палатка, в которой помещается сколоченный из досок стол, с трех сторон лавки; над палаткою на шесте развивается казенный флаг. Оказалось, что мы остановились на месте расчистки фарватера реки».
И. К. Великанов в докладе в 1908 году подводил итоги проведенных на Вишере работ, рассказывал о результатах:
«1) Взорвано динамитом и убрано на берег по всему руслу, от Верхнего Чувала до устья реки Колвы, на протяжении 257 верст, 3332 камня, общим объемом около 260 кубов.
2) Вытащено с русла реки карчей и пней 1682 штуки.
3) Убрано сваленных весенним разливом в реку деревьев 1155 шт.
4) Убраны с бечевника камни для облегчения бечевой тяги всего 254 шт. и мелких камней около 6 кубов.
5) Расчищен бечевник на протяжении 26 верст 277 саж.
6) Произведены дноуглубительные работы ручными черпаками на 14 перекатах, причем работы на некоторых повторялись, и выбрано щебенистого грунта с содержанием крупных валунов около 541 кубич. саж.
7) Построены водостеснительные сооружения на 10 перекатах общей длиной 2021,3 п. с. и общим объемом около 2319,3 куб.
8)