В результате в марте 1990 года на Третьем внеочередном Съезде народных депутатов СССР из Конституции было исключено положение о руководящей роли КПСС и провозглашена многопартийность, а также был введен пост Президента СССР. Данные изменения предусматривали прямые выборы главы государства, однако для первых выборов Президента СССР было сделано исключение, и 15 марта 1990 года Съезд народных депутатов СССР избрал М. С. Горбачева первым президентом СССР (руководство страны не решилось на проведение прямых выборов в условиях растущей нестабильности). В результате отказ от прямых выборов существенно снизил легитимность М. С. Горбачева как руководителя страны (особенно после того, как путем прямых выборов были избраны президенты большинства союзных республик) и тем самым способствовал ослаблению союзной государственности.
Что касается ситуации с институциональным дизайном на региональном и местном уровне, то проблема заключалась в том, что обеспечить планировавшееся всеобщее совмещение постов первых секретарей и председателей Советов не получилось. Даже безальтернативные выборы не спасли ряд партийных кандидатов от проигрыша. Так на выборах народных депутатов СССР 26 марта 1989 года в 195 округах, где баллотировались один или два кандидата и ни один из них не получил абсолютного большинства (из-за того, что часть избирателей проголосовала против обоих кандидатов или большинство проголосовало против безальтернативного кандидата)[10], выборы окончились безрезультатно. Еще в трех округах выборы были признаны несостоявшимися из-за того, что в них приняло участие менее половины избирателей. Всего потерпели поражение более трех десятков руководителей областных и городских партийных организаций, в том числе первый секретарь Ленинградского обкома КПСС, кандидат в члены Политбюро ЦК КПСС Ю. Ф. Соловьев. Сменивший его вскоре на посту первого секретаря Ленинградского обкома КПСС Б. В. Гидаспов был избран депутатом на безальтернативной основе от Петроградского избирательного округа № 56 (набрал около 55 % голосов) и оказался единственным из 6 баллотировавшихся членов бюро Ленинградского обкома КПСС, кому удалось победить на этих выборах. В Москве проиграли все баллотировавшиеся партийные и советские руководители: председатель Мосгорисполкома, второй секретарь горкома КПСС и два первых секретаря райкомов КПСС (из них двое заняли последние места).
В результате некоторые первые секретари выборы проиграли совсем, другие не смогли возглавить советы (например, не смогли возглавить советы партийные руководители Москвы, Ленинграда и Ленинградской области), часть предпочла перейти