Однако при всем искусстве компромисса, присущем «гуситскому бонапарту», Иржи из Подебрад был вынужден воевать почти постоянно. Аристократическая оппозиция, возглавляемая Зденеком Штернберком (Zdenek de Sternberk), сформировала Зеленогорскую лигу (Ligue de Zelena Нога), которая начала сперва политическую, а потом и вооруженную борьбу против короля.
Быстро растущее влияние Иржи в германских и европейских делах заставляло его мечтать об императорской короне, но здесь непреодолимым препятствием оказывалась враждебность Рима. В течение некоторого времени богемскому королю удавалось успокаивать Папу разговорами о церковной унии между гуситами и католической церковью, регулярно откладывая выполнение своих обещаний ссылками на сложное внутриполитическое положение. Однако эти дипломатические игры вызвали недовольство в рядах утраквистов, которые заставили короля в 1461 году принести торжественное обязательство сохранять гуситские обряды. Последовало новое обострение конфликта с Римом, но Иржи вновь выручила дипломатия: его поддержал император Фридрих III, находившийся с ним в союзе против венгров.
В 1461 году новый Папа, Павел II, после неудавшейся попытки возобновить переговоры отлучил чешского короля от церкви и организовал против него очередной Крестовый поход, который провалился, как и все предыдущие.
Отразив Крестовый поход и победив взбунтовавшихся аристократов (которых так и не удалось умиротворить уступками и подачками), Иржи в 1464 году обратился к королям Европы с пропагандистским предложением создать общеевропейскую христианскую конфедерацию. Этот образец откровенной политической демагогии (уж кто-кто, а реалист Иржи прекрасно знал, что подобный проект в конкретной обстановке того времени не имел ни малейших шансов на успех) позднее сделал его популярным среди идеологов Европейского союза, увидевших в нем своего предшественника. В проекте Иржи из Подебрад предусматривалось создание единых институтов власти, обсуждалось их функционирование, предлагалось принятие решений большинством участников Союза. Иными словами, за столетия до Европейского