Колонисты, которых привлекали донатарии, получали довольно крупные земельные участки, с которых выплачивали две десятины, одну церкви, другую – короне. Как вассалы донатария, колонисты мужского пола обязывались к несению военной службы в случае необходимости – небольшой контингент королевских солдат не мог обеспечить надежную защиту от врагов (индейцев, французов и испанцев), так что каждый поселенец рядом с лопатой держал саблю и ружье. Освоение земель сдерживалось острой нехваткой рабочей силы, поэтому колонистам пришлось перейти к насильственному обращению индейцев в рабов. К середине XVI века стало ясно, что идея с капитанствами себя не оправдывает, и в 1548 году король Жуан Третий учредил должность генерал-губернатора Бразилии, который должен был обеспечивать в колонии «справедливость, правосудие и соблюдение интересов королевской казны». Права донатариев были существенно урезаны, отныне они не чувствовали себя «тенью короля», а превратились в подобие наместников, подчиняющихся губернатору. Губернаторской резиденцией стал основанный в бухте Баия-де-Тодос-Сантос город Сидаде-ду-Сан-Сальвадор-да-Баия-де-Тодос-ос-Сантос, ныне известный как Сальвадор, столица штата Баия.
Помимо прочего, генерал-губернаторам поручалось оказывать противодействие нападениям на мирных индейцев и обращению их в рабов. Не стоит искать гуманизм там, где его не было и в помине, – все упиралось в практические соображения. Прежде всего, в Лиссабоне поняли, что для короны гораздо выгоднее сделать из туземных жителей