Процесс формирования атомных (электронных) оболочек начался с ядер лития, которым, однако, удалось при создавшихся температурных условиях присоединить только по 2 электрона, преобразовавшись в ионы лития (Li+). Для того чтобы стать нейтральными атомами им было необходимо присоединить еще по одному электрону. Продолжающееся остывание создало условия, при которых уже ядра гелия (альфа-частицы) захватили сначала по одному электрону, превратившись в ионизированные атомы гелия (He+), а затем и по второму, образуя нейтральные атомы гелия (He). Когда возраст Вселенной достиг около 200 тыс. лет, практически весь гелий стал атомарным. Через 170 тысяч лет после этого (370 тыс. лет ПБВ) настала очередь протонов (ядер протия) присоединять по одному электрону, превращаясь в атомы водорода. При температуре ниже 3000 кельвинов в основном завершился процесс приобретения протонами электронов, т. е. голых ядер протия (положительно заряженных протонов) осталось лишь 10 % от первоначального объема. К рубежу приблизительно 410 тыс. лет ПБВ голых протонов осталось только 1 %. Нейтральные атомы водорода и гелия больше не могли рассеивать остывшие фотоны, и они пустились в беспрепятственное путешествие по Вселенной. Эти реликтовые кванты, называемые фоновым микроволновым излучением, за прошедшие около 13,8 млрд. лет остыли до 2,725°К (-270,425°C).
Образование атомов первых химических элементов привело к возникновению космической химии – появлению первого химического соединения атомов в молекулу около 400 тыс. лет ПБВ. Таким соединением считается молекула иона гидрита гелия (соединение атома гелия и атома водорода, с одним удаленным электроном – HeH+). Ученые теоретически давно предсказывали этой молекуле данную роль, поскольку в тот период истории Вселенной водород и гелий были практически единственными атомами, созданными первичным нуклеосинтезом. Однако доказательств ее космического существования не было. И вот, в 2019 году астрофизики обнаружили ионизированные молекулы гидрида гелия, в одной из туманностей с помощью спектрального анализа вещества. Это открытие стало важным аргументов в пользу того, что приблизительно в период 400–450 тыс. лет ПБВ в процессе столкновений протона с атомом гелия возникали ионы гидрида гелия и испускались фотоны. Это ионное соединение, называемое так же, как гидрид гелия, считается первым сложным (двухатомным) веществом во Вселенной. Ученые (Рольф Гюстен и ряд других) полагают, что: "Вся химия во Вселенной начиналась именно с гидрида гелия". «Формирование молекулы гелий-гидрид ион имеет примерно такое же значение для эволюции химических процессов во Вселенной, какое имеет для жизни на Земле переход от одноклеточных форм к многоклеточным