В другой раз Иисус не позволил никому следовать за Собою, кроме Петра, Иакова и Иоанна, брата Иакова. Он пришел в дом начальника синагоги и увидел смятение и плачущих и вопиющих громко. И войдя, сказал им: что смущаетесь и плачете? девица не умерла, но спит (Мк 5:37—39). После сего Иоанн стал свидетелем того, как Христос воскресил из мертвых дочь начальника синагоги.
В следующий раз взял Иисус Петра, Иакова и Иоанна, брата его, и возвел их на гору высокую одних, и преобразился пред ними: и просияло лицо Его, как солнце, одежды же Его сделались белыми, как свет. И вот явились им Моисей и Илия, с Ним беседующие. При сем Петр сказал Иисусу: Господи! хорошо нам здесь быть; если хочешь, сделаем здесь три кущи: Тебе одну, и Моисею одну, и одну Илии. Когда он еще говорил, се, облако светлое осенило их; и се, глас из облака глаголющий: Сей есть Сын Мой Возлюбленный, в Котором Мое благоволение; Его слушайте. И, услышав, ученики пали на лица свои и очень испугались. Но Иисус, приступив, коснулся их и сказал: встаньте и не бойтесь. Возведя же очи свои, они никого не увидели, кроме одного Иисуса. И когда сходили они с горы, Иисус запретил им, говоря: никому не сказывайте о сем видении, доколе Сын Человеческий не воскреснет из мертвых. И спросили Его ученики Его: как же книжники говорят, что Илии надлежит прийти прежде? Иисус сказал им в ответ: правда, Илия должен прийти прежде и устроить все; но говорю вам, что Илия уже пришел, и не узнали его, а поступили с ним, как хотели; так и Сын Человеческий пострадает от них. Тогда ученики поняли, что Он говорил им об Иоанне Крестителе (Мф 17:1—13; Мк 9:2—13; Лк 9:28—36).
Апостолы часто по воле Христа отправлялись на самостоятельную проповедь. Однажды, после возвращения к Иисусу, Иоанн сказал: Наставник! Мы видели человека, именем Твоим изгоняющего бесов, и запретили ему, потому что он не ходит с нам. Иисус сказал ему: не запрещайте, ибо кто не против вас, тот за вас (Лк 9:49—50).
Еще один евангельский эпизод связан с матерью Иоанна. Приступила к Иисусу мать сыновей Зеведеевых с сыновьями своими, кланяясь и чего-то прося у Него. Он сказал ей: чего ты хочешь? Она говорит Ему: скажи, чтобы сии два сына мои сели у Тебя один по правую сторону, а другой по левую в Царстве Твоем. Иисус сказал в ответ: не знаете, чего просите. Можете ли пить чашу, которую Я буду пить, или креститься крещением, которым Я крещусь? Они говорили Ему: можем. И говорит им: чашу Мою будете пить, и крещением, которым Я крещусь, будете креститься, но дать сесть у Меня по правую сторону и по левую – не от Меня зависит,