Обвиняют Л.Г. Ивашова и в том, что он стал сотрудничать с ельцинским правительством. Действительно, когда в сентябре 1991 года была сформирована комиссия по расследованию деятельности ГКЧП в Вооруженных силах, которую по поручению президента Б.Н. Ельцина возглавил генерал К.И. Кобец, Юридическая служба Управления делами стала базовой для работы комиссии. Генерал Кобец включил Ивашова в состав комиссии в качестве своего заместителя и ответственного секретаря. Но Ивашов поставил условием своей работы отказ от каких бы то ни было чисток офицерского корпуса и ведение только анализа нормативной базы. Кобец согласился. В результате деятельности комиссии ни один офицер не был уволен, а тем более осужден. А сколько бы офицеров «вычистили» из армии, если бы вместо Ивашова пришел кто-то другой? Кто-то из «демократов»?
Словом, вопрос неоднозначный: что правильнее – никакого сотрудничества с «преступным режимом», только оппозиция (при том, что патриотическая оппозиция раздроблена, разобщена, погружена в между-собойные разборки), или же вхождение в правительственные структуры – с тем, чтобы, имея полномочия и рычаги, не дать полностью разрушить и «опустить» страну? Ответ на этот вопрос у разных людей разный.
Во всяком случае, во многом благодаря усилиям Ивашова, который находился в это черное для страны время во главе Управления делами Минобороны, в мае 1992 года удалось подписать договор о коллективной безопасности стран СНГ, действующий до сих пор. 14 февраля 1992 года было принято решение о создании Объединенных Вооруженных сил СНГ.
Однако министром обороны России в мае 1992 года стал П.С. Грачев. С Грачевым Леонид Ивашов не сработался, да и не мог сработаться. Он считал своим долгом указывать новому министру, не имеющему опыта работы в Центральном аппарате, на неадекватность и даже незаконность некоторых его действий, ссылаясь на документы, советские нормативные акты, на тот момент остававшиеся в силе. Результатом обострения отношений с Грачевым вскоре стал уход Ивашова со своей должности. Тем не менее, тогда же Ивашова единогласно избрали на пост секретаря Совета министров обороны стран СНГ, и на этой должности он работал почти до конца 1996 года.
1 октября 1996 года Л.Г. Ивашов назначается начальником Главного управления международного военного сотрудничества Министерства обороны РФ. С этого момента в жизнь Леонида Григорьевича властно вошла геополитика, став главным занятием, увлечением и профессией – ведь никакая эффективная деятельность на международном поприще без ее освоения невозможна.
Первым шагом нового руководителя стала разработка концепции работы управления, а значит – концепции международного военного сотрудничества с учетом принципиально новых реалий, когда Россия осталась наедине с США и НАТО без явных союзников. На должность своего советника Леонид Григорьевич пригласил опального маршала Язова и настоял на нем, несмотря на негативную реакцию в Кремле. Однако Ивашов знал, что делал, и знал, что именно Язов