Казачество, конечно, преследовало свои специфические интересы особым положением, но это не исключало совпадения определенных интересов казаков и великорусских крестьян. В частности борьба казачества за сохранение своих прав и свобод позволяла сохранять Донскую квазигосударственность, являвшуюся убежищем для беглых крепостных крестьян и холопов, согласно квазисуверенному принципу «С Дона выдачи нет!» Впоследствии русские цари с особой решимостью ликвидировали это суверенное право Дона, нарушавшее сложившуюся социально-экономическую систему самодержавной и крепостнической России.
Московское правительство решало в этот период очень сложные задачи стабилизации внешнего и внутреннего положения. Отношения с казачеством, как впрочем и во все последующие годы, не являлось предметом первоочередного внимания и заботы правительства. Единственно, оно постоянно требовало активного участия казачества в войнах с Польшей и его отказа от проведения самостоятельной внешней политики в отношении Крыма и Турции. 26 сентября 1649 г. царь Алексей Михайлович пожаловал донским казакам еще одно знамя и для их усиления было направлено 3000 добровольцев с Украины для записи в казачество. Однако казаки по-прежнему сопротивлялись принятию на себя обязательств под присягой и настаивали на том, что они являлись слугами царю и России на добровольной основе как приверженцы общей православной веры и русского народа, оставаясь в рамках самостоятельного государственного образования – Войска Донского. Историки считают, что такой тип зависимости вполне можно обозначить как «протекторат» (Платонов), «вассалитет» (Сватиков). Об этом свидетельствует передача функции сношения Москвы с Войском Посольскому приказу. Это убеждало казаков в признании Москвой особой самостоятельности Дона, и Войско Донское иной раз позволяло себе акции, расходившиеся с политикой Москвы. Например, казаки казнили посланного Москвой дворянина Карамышева, а Москва не решилась примерно наказать самовольный Дон.
Казачий Дон пытался следить за сохранением своего квазисуверенитета и собственного войскового права, но истощенное пятилетним «азовским сидением» донское казачество было вынуждено просить о военной и материальной помощи Москву. Дон впервые согласился на посылку в свой край вспомогательных войск. Однако Москва была еще не в состоянии затрагивать самостоятельность войска во внутренних делах. На Дону по прежнему функционировало