Активность Мануила во время его болезни демонстрирует та энергия, с которой он дал отпор туркам. В начале 1180 г., возможно, в марте туркмены напали на Клаудиополис – пограничный пункт в Восточной Вифинии. Осажденный гарнизон был уже готов сдаться. Но когда Мануил получил такие вести, он поднялся с постели, надел доспехи и пустился в путь верхом на коне. Его служители, как пишет Евстафий, прониклись благоговейной надеждой, что его рвение может таким образом победить природу. Пустившись в путь, Мануил двигался быстро и ехал при свете факелов, не останавливаясь на ночевку. Он миновал Никомедию и леса Вифинии так быстро, что опередил свое небольшое войско. Когда турки у Клаудиополиса увидели блеск оружия и доспехов приближающейся армии, многие из них бросили осаду, а остальные были отброшены совместными действиями городского гарнизона и войска императора. Мануил триумфально возвратился как победитель врагов-мусульман. Никита Хониат избегает упоминать, что снятие осады с Клаудиополиса произошло во время последней болезни Мануила; в его тексте эти два события разделены множеством страниц. Только у Евстафия мы узнаем об истинных обстоятельствах.
Несмотря на физическую слабость, император продемонстрировал свою не уменьшающуюся умственную силу, начав богословский спор. От любого мусульманина, обращенного в христианство, требовалось отречься от своей веры в бога Мухаммеда как истинного Бога, который и не породил никого, и сам не был рожден. Мануил считал такое экстремальное отвержение оскорбительным для потенциальных новообращенных и еще до марта 1180 г. предложил убрать его из катехизиса и надписи в Святой Софии. Духовенство немедленно отреагировало, и, когда император попытался перехитрить их, издав гражданский указ, общественное мнение сделало его распоряжение недействительным. Разгневанный таким противодействием и своей болезнью, Мануил собрал епископов в Скутари в мае 1180 г. и пригрозил им собрать полный собор, включая папу римского, так как, по его словам, существующая формулировка отлучает от церкви Самого Бога. Евстафий, митрополит Солунский, поддержанный патриархом Феодосием, высказался против предложения императора. Спор продолжался, но после проволочек и увиливаний Мануила обе стороны осознали необходимость прийти к компромиссу. Соглашение, заключенное в мае 1180 г., исключило былое предание анафеме бога Мухаммеда; новообращенные вместо этого должны были проклясть самого Мухаммеда, его учение и его последователей. Император одержал победу в том, что убрал оскорбительные упоминания