Средний срок жизни людей того времени был не слишком длинным. Францу Лефорту повезло с любящей и преданной женой, чего не скажешь о его малолетних детях, в силу различных причин умиравших один за другим. Из девяти (по другим сведениям, одиннадцати) в живых остался лишь один – Андрей (Анри, Генрих). По характеру мальчик походил на отца – такой же доброжелательный, веселый и смекалистый. Он был единственным ребенком, которого допускали к царевичу Алексею Петровичу. Мальчика ожидали фантастические перспективы и блестящая карьера, если бы не религиозные препоны, чинимые отцом. Ревностный кальвинист мечтал воспитывать сына в традиционной религиозной атмосфере. Жена Лефорта, убежденная католичка, могла перетянуть сына на свою сторону, исказив его мировоззрение сквозь призму католических догматов. Восьмилетний мальчик, не определившийся с выбором вероисповедания, в семейном кругу находился как между молотом и наковальней, что не могло ни отразиться на неокрепшей детской психике. Решение за всех принял отец, отправив сына в Женеву в сопровождении гувернера Штрака. По мнению Франца Яковлевича, на родине предков Анри должны были указать «истинно правильный» путь – беззаветное служение идеалам Кальвинистской церкви.
Противостояние религиозных конфессий для Лефорта стало личной драмой. Письмо к брату, написанное 4 июля 1694 года в Архангельске, можно воспринимать как исповедь, как раскаяние за незаслуженно полученные блага: «Хотя вся страна и все различные национальности уважают меня, однако я не дозволяю усыплять себя такою славою; напротив, стремлюсь постоянно к тому, чтобы доказать мое усердие, привлечь верных подданных. Одним словом, прошу вас верить, что благодать Бога со мною, и, хотя я неоднократно оскорблял Его, но она неисчерпаема, и я употреблю всевозможные усилия никогда не забывать Его благодеяний. В особенности прошу вас верить моей беспредельной преданности, зная положительно, что вы принимаете участие во всем, что меня касается, и что преднамеренно я не сделаю ничего предосудительного в такое время, когда Бог ниспослал на меня свои милости, и когда честь требует твердо пребывать в благодати Божией. Никто и никогда не достигал подобных милостей, и ни один иноземец не мечтал о них. Сознаюсь, все эти милости необычайны; я не заслужил их; я не воображал в столь короткое время составить мое счастье, но так было угодно Богу…».
Петр Алексеевич с пониманием отнесся к выбору друга, выдав сыну Лефорта 6000 червонцев на дорогу и повелев строго указать воеводам тех мест, где предстояло проследовать картежу, оказывать всевозможные почести ездокам и по первому требованию снабжать их провиантом, фуражом и свежими лошадьми. Помимо прочего, царь вручил Анри письмо к амстердамскому бургомистру Витсену «с приложением к оному (письму) своего портрета в золоченой раме, усыпанной драгоценными каменьями», ранее предназначавшегося в подарок Францу Лефорту. В Женевский сенат государь передал грамоту