Отношения Столыпина со II Государственной думой были весьма напряженными. В законодательный орган власти входило более сотни представителей партий, которые напрямую выступали за свержение существовавшего строя, – РСДРП и эсеры, чьи представители неоднократно устраивали покушения и убийства высших должностных лиц Российской империи. Польские депутаты выступали за выделение Польши из Российской империи в отдельное государство. Две самые многочисленные фракции Думы, кадетов и трудовиков, ратовали за принудительное отчуждение земель у помещиков с последующей передачей крестьянам.
Члены революционных партий, ратовавших за смену государственного устройства, попав в Государственную думу продолжали заниматься антигосударственной деятельностью, о чем вскоре стало известно полиции, руководителем которой являлся Столыпин. 7 мая 1907 года он обнародовал в Думе «Правительственное сообщение о заговоре», обнаруженном в столице и ставившем своей целью совершение террористических актов против императора, великого князя Николая Николаевича и против него самого.
Правительство предъявило Думе ультиматум, требуя снять депутатскую неприкосновенность с предполагаемых участников заговора, предоставив Думе кратчайший срок для ответа. После того, как Дума не согласилась на условия правительства немедленно и перешла к процедуре обсуждения требований, царь, не дожидаясь окончательного ответа, 3 июня распустил Думу. Акт 3 июня формально нарушал «Манифеста 17 октября» и Основные законы 1906 года, в связи с чем противниками правительства был назван «Третьеиюньским государственным переворотом».
Следующим шагом, который предпринял Столыпин для нормализации политической жизни в стране, стало изменение избирательной системы. Взаимоотношения Столыпина с III Думой представляли собой сложный взаимный компромисс, который позволил правительству под руководством П. А. Столыпина укротить революцию и заняться проведению реформ.
Во время революционных событий 1905–1907 годов были осуществлены десятки тысяч террористических актов, в результате которых погибло более 9 тысяч человек. Столыпин лично столкнулся с актами революционного террора. В него стреляли, бросали бомбу, направляли в грудь револьвер, революционеры приговорили к смерти путем отравления единственного сына Столыпина, которому было всего 2 года.
Среди погибших и пострадавших от революционного террора были родные, друзья и ближайшие знакомые Столыпина. И во многих случаях убийцам удалось избежать смертной казни вследствие судебных проволочек, адвокатских уловок и гуманности общества.
19 августа 1906 года был принят «Закон о военно-полевых судах». Он предусматривал отдавать преступников под суд в течение суток после акта убийства или