Киевский период стал вершиной деятельности Довнар-Запольского и как ученого. Он написал ряд статей об эпохе Ивана Грозного, по истории русского города XVI–XVII веков[9]. Наполненные обширным фактическим материалом, статьи его по этой теме вновь возбудили дискуссию о цеховом устройстве русского средневекового ремесла, начатую еще в середине XIX века, но затем затихшую из-за отсутствия новых источников. Найденные Довнар-Запольским архивные материалы позволили предположить существование напоминающей западноевропейские цехи корпорации серебряников в Москве. Развернувшаяся по этому поводу дискуссия продолжалась до 50-х годов XX века.
Значительное внимание уделил Довнар-Запольский XIX веку[10]. Особенно он выделил первую его четверть. «Через всю александровскую эпоху красной нитью проходит стремление общества к постановке вопроса о политических правах, и делаются попытки к их осуществлению», – обосновывал он свой интерес к этому периоду истории России. Ученый уделил пристальное внимание также общественно-политической мысли и общественным движениям того времени. Закономерным и логичным поэтому выглядит его интерес к движению декабристов, корни которого он усматривал в российской действительности, а не в заимствованиях с Запада. Носившие черты поспешности, работы Довнар-Запольского о декабристах были – наряду с трудами П. Е. Щеголева и В. И. Семевского – ценны привлечением ранее мало использовавшегося архивного материала.
Путь Довнар-Запольского в послеоктябрьский период был логичен для общественного деятеля с буржуазной платформой, белоруса по национальности: он стал активным участником национального буржуазного движения. После образования в марте 1918 года Белорусской Народной Республики со столицей в занятом немцами Минске Довнар-Запольский приветствовал ее восторженной статьей «Жребий брошен». В это время он подготовил брошюру «Основы государственности Белоруссии», изданную в 1919 году в Гродно, Вильно и Париже на шести европейских языках, в том числе на белорусском – двумя изданиями. Концепция этой брошюры была изложена уже в статье «Жребий брошен»: Белоруссия стала независимым государственным образованием еще со времен феодальной раздробленности (Полоцкое, Турово-Пинское, Смоленское княжества), далее путь ее был тоже самостоятелен и если и связан с Россией, то не по желанию ее населения, а по принуждению (разделы Речи Посполитой). Белоруссия – страна высокой и древней культуры, пик развития которой («золотой век») пришелся на XVI столетие, причем классовые различия были тогда здесь значительно меньшими, чем в Московской Руси. Политических задач, впрочем, брошюра не выполнила.
Весь период гражданской войны Довнар-Запольский продолжал числиться профессором киевских вузов, но лекций почти не читал. Личная трагедия (потеря двух сыновей) и неудачная политическая деятельность привели его