В 1889 году Довнар-Запольский окончил гимназию и поступил в Киевский университет св. Владимира, где его учителем стал В. Б. Антонович. Антонович был незаурядным педагогом. В 80–90-е годы XIX века его учениками были А. М. Андрияшев, Д. И. Багалей, М. С. Грушевский, В. Г. Ляскоронский и другие известные историки. Общие принципы в выборе тем и методологии исследований позволили назвать сформированную Антоновичем школу областнической: многочисленные публикации его учеников касались прежде всего истории и географии различных областей Древнерусского государства.
Не остался в стороне от этой работы и Довнар-Запольский. Его интерес к Белоруссии и имевшийся уже определенный опыт ее изучения предопределили выбор темы: ею стала история кривичей и дреговичей, двух племен, населявших ранее территорию Белоруссии. Опубликованное вначале в виде отдельных географического и исторического очерков в КСЗК, а затем (в дополненном виде в 1890 году) отдельной книгой под названием «Очерки истории Белоруссии», оно вышло в частично переработанном виде в 1891 году под названием «Очерк истории Кривичской и Дреговичской земель до конца ХII века».
Книга состоит из двух частей – географической и исторической. В географической автор подробно характеризует территорию и население изучаемого региона. Историю кривичей и дреговичей (фактически, Полоцкого и – в меньшей степени – Смоленского и Турово-Пинского княжеств), Довнар-Запольский довел до конца XII века, анализируя ее под воздействием федералистической концепции Н. И.
Костомарова – В. Б. Антоновича. Период с XI до половины XIII века представлялся ему временем борьбы двух начал. Так, он утверждал, что «заметны два различных течения: стремление первых киевских князей сцентрализировать русские земли в своей власти, и затем, когда Русь достаточно сплотилась, – движение обратное, децентрализационное»[1]. Последнее виделось историку в желании «отдельных этнографических групп к… установлению у себя самостоятельного государственного устройства»[2].
По мнению Довнар-Запольского, этнографические различия между племенами были основной движущей силой развития Древней Руси, причем, «этнографическое различие племен мешало во все продолжение древнейшего периода к слиянию в одно целое. Это различие поддерживалось неудобствами географического положения, занятого Русью»[3]. И хотя Довнар-Запольский справедливо признавал, что «препятствия эти по существу весьма незначительны», это не мешало ему делать вывод о том, что «они, несомненно, имели важное влияние в древности, которое сказывается по настоящее время»[4].
Особое внимание Довнар-Запольский уделил Полоцкому княжеству[5]. Он подчеркивал, что «в Полоцкой области развились те же основы древнерусской общественной жизни, какие мы видим и в других областях, но только с той разницей, что в Полоцке они развивались гораздо скорее»; он объяснял это в том числе и развитием торговли[6].
Так же, по мнению ученого, «развитие вечевого уклада Полоцкого княжества дошло до того, что Полоцк превратился к концу XII века в республику»[7].
Продолжая позднее заниматься историей запада Древней Руси рассматривая т. н. «удельно-вечевой период» истории, Довнар-Запольский отмечал две его характерные черты: во-первых, вслед за Костомаровым, усиление веча и развитие общественного самосознания племен; во-вторых, вслед за С. М. Соловьевым, борьбу главных городов с пригородами и борьбу князей между собой. И здесь он фактически дословно повторяет вывод Костомарова, сделанный последним в заключение статьи «Мысли о федеративном начале в Древней Руси»: начала вечевого уклада и самостоятельности областей, – писал Довнар-Запольский, – могли привести к соединению Руси на чисто федеративных основах, с полной областной самостоятельностью, но этот процесс был приостановлен монгольским завоеванием и Литвой[8]. Теоретическая деятельность Довнар-Запольского в области белоруссоведения постепенно начала сочетаться с практической его работой по просвещению населения Северо-Западного края (так называли тогда Белоруссию). В начале 90-х годов XIX века он подготовил программу сбора этнографических материалов и привлек к этому делу учителей Минской губернии. Своему другу этнографу Е. А. Ляцкому он говорил, что в научной деятельности надо равняться на таких исследователей, как П. Шафарик, В. Караджич, Н. Костомаров, поскольку они не ограничились «чистой» наукой, применяя полученные знания в области просвещения своих народов.
Вскоре после окончания университета, в 1895 году Довнар-Запольский переехал в Москву, где работал в частных женских гимназиях преподавателем истории