Папа Иннокентий VIII, смущенный не только смелостью рассуждений Пико о магии, каббале, свободе воли и иных сомнительных предметах, но и юным возрастом философа, назначил для проверки «Тезисов» специальную комиссию, которая осудила 13 выдвинутых положений как еретические. Диспут был запрещен, а богословы настолько активно протестовали по поводу некоторых тезисов, что возникла необходимость в написании «Апологии», или «Защиты». Она была опубликована в 1487 г. вместе с речью «О достоинстве человека».
В «Апологии» Пико повторяет положения об испорченной природе дурной магии и о благой магии естественной, которая есть сведение воедино или сочетание браком небесных начал с началами земными. Это служит основой или предпосылкой всем остальным положениям о магии, в особенности положению о начертаниях и фигурах. Пико подчеркивает, что благая, естественная магия творится сама собой, т. е. естественными силами, и что действие используемых в ней магических начертаний и фигур имеет точно такой же характер. Однако наскоро составленная Пико «Апология» привела к осуждению всех без исключения «тезисов».
Скорее всего, представления Пико делла Мирандолы не отличались от магии Фичино – в том смысле, что он прибегает не только к принципу естественного сродства, но и к магическим знакам и символам, привлекая для познания тайные силы творения, а не разрушения. Вполне возможно, что отголоски апологии естественной магии Пико есть в опубликованной Фичино двумя годами позже книге «О жизни». Еще одним связующим звеном между системами двух гуманистов можно считать обращение Пико к орфическим заклинаниям, причисляемым им к естественной магии. Так, во втором орфическом тезисе он утверждает: «В естественной магии нет ничего действеннее, чем гимны Орфея, если их сопровождает соответствующая музыка, душевное расположение и прочие обстоятельства, известные мудрым».
В третьем орфическом тезисе он заверяет, что орфическая магия не несет в себе демонического начала: «Имена богов, воспеваемых Орфеем, не суть имена лукавых демонов, от которых исходит одно лишь зло и никакого добра. Это имена естественных и божественных сил, рассеянных истинным Богом по всему миру, дабы нести великое благо человеку – если человек знает, как с ними обращаться».
Перед угрозой преследования со стороны инквизиции Пико в 1488 г. бежал во Францию, но там был схвачен и заточен в одну из башен Венсенского замка. Его спасло заступничество высоких покровителей и прежде всего Лоренцо Медичи. По просьбе Медичи папские власти разрешили графу поселиться близ Флоренции. Дух и среда флорентийской Платоновской академии оказались весьма благотворными для творческих планов и религиозно-философских устремлений Пико. Однако на вилле Кареджи он выступал не столько в роли ученика, сколько в качестве полноправного собеседника. Еще в 1486 г. Пико написал свой комментарий к «Канцоне о любви» ученика Фичино Джироламо Бенивьени, содержащий