Тем временем Цицианов сумел собрать войска и 28 июля 1805 г. при Загаме (в двух переходах от Елизаветполя) разбил войско Аббас-Мирзы, и персидская армия в беспорядке бежала.
Князь Цицианов приказал Завалишину вновь осадить Баку и сам двинулся к нему на помощь с 1050 пехотинцами, 332 кавказскими казаками и конными татарами при 10 орудиях. Подойдя к Баку, Цицианов потребовал у бакинского хана Гуссейн-Кули присягнуть русскому царю, в противном случае угрожая взять крепость штурмом. 8 февраля 1806 г. Гуссейн-Кули согласился встретиться с Цициановым, но во время переговоров приближенные хана убили Цицианова и открыли огонь из крепости по русским. Завалишин не решился на штурм и отступил.
В сентябре 1806 г. русские войска под командованием генерала Булгакова двинулись на Баку. Местный хан Гуссейн-Кули бежал в Персию, а 3 ноября город сдался и присягнул русским. Бакинское, а затем и Кубинское ханства были объявлены русскими провинциями и, таким образом, к концу 1806 г. русское владычество было утверждено на всем побережье Каспийского моря до устьев Куры. К тому же времени была окончательно присоединена к Грузии (имеется в виду русская Грузия) Джаро-Белоканская область.
На место князя Цицианова был назначен граф Гудович, которому пришлось со слабыми силами вести войну на два фронта – против Персии и против Турции (с которой к тому времени началась война) и одновременно поддерживать порядок в только что усмиренной стране.
В течение 1806 г. были заняты Куба, Баку и весь Дагестан, а персидские войска, попытавшиеся снова наступать, разбиты у Каракапета.
В 1807 г. Гудович воспользовался несогласованностью действий противников и заключил с персами перемирие. Теперь остался один противник – турки. Гудович двинул войска одновременно по трем направлениям – на Карс, Поти и Ахалкалаки, но нигде не добился успеха. Тогда турецкий Юсуф-паша с 20-тысячным войском перешел в наступление. Но Гудович успел собрать свои силы и 18 июня на реке Арпачай разбил турков.
Кампания 1808 г. была менее удачной. Гудович осадил Эривань, занятую персами, но безуспешно. Второй раз за эту войну русские отступили от Эривани.
Между тем султан