Таким образом Бонапарт давал Клеберу карт-бланш на заключение мира с турками и англичанами при условии эвакуации французской армии из Египта. В том же приказе Наполеон откровенно врал: «Правительство вызвало меня в свое распоряжение». На самом деле Директория меньше всего желала видеть Бонапарта в Париже.
Между тем для очищения Египта в Сирии уже была сформирована 80-тысячная турецкая армия.
30 декабря 1799 г. турки взяли форт Эль-Ариш. Это вынудило Клебера подписать 21 января 1800 г. Эль-Аришскую конвенцию, по которой французские войска должны были быть перевезены во Францию на своих или турецких судах.
Клебер отправил с донесением об этом Директории генерала Дезе и сдал туркам Катие (Катиех), Салагие (Салехие) и Белбейс. Французская армия уже готовилась очистить Каир, как было получено уведомление от адмирала Кейта, командовавшего английским флотом в Средиземном море, что британское правительство требовало сдачи французской армии в плен без всяких условий.
Клебер решил продолжать борьбу. 20 марта близ Каира, у развалин древнего города Гелиополиса, он разбил главные силы великого визиря и преследовал их до Салагие. В Сирии остатки турецкой армии были уничтожены арабами.
После сражения у Гелиополиса Клебер, отправив часть своих войск в помощь каирскому гарнизону, окруженному восставшим населением и турецкими войсками Нассифа-паши, преследовал великого визиря до Салагие. Оставив там Ренье, он 27 марта с остальными силами прибыл к Каиру, который был уже во власти Нассифа-паши и Ибрагим-бея. Сообщив им об участи армии великого визиря, Клебер предложил очистить город.
25 апреля 1800 г. Каир сдался французам. Клебер принялся за приведение в порядок внутренних дел и водворение спокойствия в стране. Им были приняты меры к укомплектованию армии местным населением. Так, в Нижнем Египте охотно поступали в ряды французских войск копты, сирийцы, эфиопские невольники.
14 июня Клебер был убит фанатиком, подосланным визирем. К этому времени английское правительство, несколько изменив взгляд на египетский вопрос, утвердило Эль-Аришскую конвенцию. Но генерал Мену, принявший после Клебера командование, ссылаясь на отсутствие полномочий, предложил известившему его об этом адмиралу Кейту обратиться в Париж. Тогда английским правительством был выработан план высадки 20-тысячного отряда британских