Страшной «визитной карточкой» Великой африканской войны стала невероятная жестокость, которую и повстанцы, и правительственные солдаты, и иностранные военные проявляли к мирным жителям. По данным международных организаций, во время войны в Конго более полумиллиона женщин были изнасилованы. Боевики и солдаты не щадили даже маленьких девочек, насилуя их, а часто и убивая после насилия. Захватывая деревни, населенные «чужими» народностями, боевики вспарывали животы беременным женщинам, убивали стариков, расправлялись со священнослужителями. К обычной для африканских боевиков жестокости присоединялись и желание смертельно напугать население захваченных территорий, чтобы оно и не думало сопротивляться, и наркотическое опьянение, в котором находились очень многие бойцы и повстанческих, и правительственных формирований.
Шокированное мировое сообщество давило на руководителей африканских государств, участвующих в войне, с тем, чтобы они поскорее начали переговоры о прекращении боевых действий. В конце концов, 21–27 июня 1999 года в столице Замбии Лусаке состоялись переговоры между участниками конфликта, а 10 июля 1999 года руководители Конго, Анголы, Намибии, Зимбабве, Замбии, Уганды и Руанды подписали Лусакское соглашение, в соответствии с которым в течение 24 часов после его заключения стороны обязывались прекратить все военные операции, дальнейшие военные передвижения, а также давали согласие на развертывание Международных миротворческих сил ООН.
Однако, несмотря на подписанное в Лусаке соглашение, боевые действия на территории Конго продолжались, хоть и в меньших масштабах. Так, 5-10 июня 2000 г. в конголезском городе Кисангани произошла шестидневная война между армиями Руанды и Уганды. 16 января 2001 г. во время заседания военного совета был убит президент Демократической Республики Конго Лоран Кабила.
Новым главой государства стал его 29-летний сын Жозеф Кабила. Он продолжил действовать против повстанцев, пока в июле 2002 г. не было подписано мирное соглашение между ДРК и Руандой. От лица ДРК соглашение подписал Жозеф Кабила, от лица Руанды – президент Поль Кагаме. Руководство Конго обязалось признать легальными политические организации тутси на территории страны, разоружить подконтрольные Киншасе отряды боевиков-хуту, а руководство Руанды соглашалось с требованием о выводе 20-тысячного корпуса руандийских