Изменения в характере хозяйственной деятельности и стремление властей увеличить сбор ясака усилили движение русских с севера на юг, в таежные, подтаежные и южные зоны Енисея. С запада и юго-запада по Томи и Чулыму в эти же районы с начала XVII в. пытались проникнуть томские и кузнецкие служилые люди, промышленники и крестьяне.
Появление и закрепление России на Среднем Енисее вызывали все возрастающее противодействие у киргизских князей и их своего рода сеньоров, которые пытались отстоять свое право на грабеж коренного населения края. Киргизские «князцы», явно и тайно поощряемые северо-монгольскими ханами и Джунгарией, втягивали в вооруженную борьбу с русскими черных енисейских киргизов и своих киштымов. Эта борьба чаще всего носила характер грабительских набегов на русские селения, а также на те ясачные племена, которые попали в зависимость от России. Иногда она выливалась в крупные организованные походы против русских укрепленных пунктов. В зависимости от расстановки сил киргизская верхушка часто меняла свою политическую ориентацию. Нередко она с киштымами присягали на подданство и одновременно вносили ясак России, а албан – алтын-ханам и Джунгарии.
Красноярск, ставленный в 1628 г. «у киргизских людей за хребтом», прикрывая Енисейск, Томск и отчасти Кузнецк, вынес на себе основную тяжесть борьбы со степью. В «бунташный» ХVII в. царское правительство еще не имело в Сибири значительных военных сил. Поэтому оно часто ограничивалось активной обороной, организуя на границе с «немирными киргизскими землицами» цепочку укрепленных острогов-крепостей, которая постепенно передвигалась к югу. Вместе с тем центральные и местные власти проводили политику, направленную на привлечение верхушки данников киргизов и их самих на свою сторону. Гибко использовались противоречия между северо-монгольским государством и Джунгарией (Ойратия), а с ними – Цинского Китая, который тоже претендовал на господство в районе Верхнего и Среднего Енисея.
С 90-х гг. XVII в. начинается решающий этап в борьбе России за включение юга Енисейской Сибири в свои пределы. Рост населения восточных уездов Сибири вызвал острую нехватку продовольствия. Ленско-Илимский земледельческий район не всегда обеспечивал служилых и промысловиков хлебом. Енисейский район часто не мог дать нужное количество продовольствия, поскольку наиболее благоприятные в земледельческом отношении земли не были освоены. В Красноярском уезде по-прежнему не хватало своего хлеба. Неслучайно в конце XVII в. начался в крупных масштабах сдвиг русского населения Енисейского края на юг и юго-восток.
Вместе с тем в России к концу XVII – началу XVIII в. возросла потребность в пушнине. Из-за перепромысла зверя ее поступление все сокращалось, а «заморская торговля», Азовские походы, особенно длительная Северная война и хозяйственные предприятия Петра I, поглощали громадные средства. Центр все настойчивее требует