Комментарий Оригена можно охарактеризовать как богословие Логоса. Он опирается на знаменитые вступительные слова Евангелия от Иоанна: «В начале было Слово, и Слово было у Бога, и Слово было Бог». Здесь александрийский богослов находит исток всех основных христианских доктрин – и Творения, и Воплощения, и Спасения.
В своем богословии Ориген предвосхитил воззрения, которые будут характерны для эпохи Вселенских соборов – от Никейского до Халкедонского. Он первый ввел в тринитарное богословие понятие ипостаси, которое спустя столетие «восстановит в правах» Григорий Богослов. Он уверенно и последовательно говорил о двух природах Христа и одном Лице Бога Сына. Он активно выступал против всевозможных попыток понять Троицу как нечто вещественное, а Дух – как огонь. Душа человеческая, согласно Оригену, не некая субстанция, а подвижная, изменчивая сущность, которая движется от состояния грехопадения через заблуждение и гордыню к поиску истины и раскаянию, за которым следуют искупление и спасение. Описание душевной жизни у Оригена не столь проникновенно, как у Блаженного Августина, но удивительно перекликается с некоторыми идеями философов XIX–XX веков, которые тоже перестали рассматривать душу как неизменную и абстрактную субстанцию.
Вместе с тем в некоторых своих положениях Ориген отклоняется от церковного вероучения.
В представлениях о Троице он придерживался идеи субординации (вообще распространенной среди богословов вплоть до Никейского собора). Эта идея означает, что отношения между Лицами Троицы строятся по принципу иерархии. Бог Отец превышает собой все существующее, в том числе Сына, который является бытием более низкого ранга (хотя и превышающим все сотворенное). Ориген не соглашался с понятием «единосущности» Лиц Троицы (которое, впрочем, вплоть до Никеи не обсуждалось в Церкви всерьез). По его мнению, Бог Сын и Дух Святой лишь причастны к Отцу; именно эта причастность является условием их божественной природы.
В своем учении о человеке Ориген также отличался от привычной христианской антропологии. Он учил о предсуществовании душ, которые, по его словам, прежде пребывали в качестве духов в небесном мире (отождествляемом им с Небесным Христом-Логосом), а после грехопадения оказались помещены в тела.
Некоторые из суждений Оригена, особенно в его комментариях на Евангелия, позволяют заключить, что он признавал реинкарнацию. Правда, не в той форме, которая нам известна из индийской философии или учения Пифагора. В публикуемом фрагменте «Комментария на Евангелие от Иоанна» как раз критикуется «классическая» концепция реинкарнации и делаются наметки иной ее трактовки. Похоже, Ориген полагал, что наш мир регулярно разрушается,