После проведенных допросов рулевой, сигнальщик и электрик были отпущены. Остальным были предъявлены конкретные обвинения. Штурман Тиманов был обвинен в проявлении «полнейшей неграмотности в управлении подводной лодкой», командир лодки Атавин и комиссар Толкачев обвинялись за допуск Тиманова к самостоятельному управлению кораблем в сложных погодных условиях без должной проверки его профессиональной и морской подготовки.
18 июня в районе гибели «Девятки» всплыли два трупа, которые были подобраны тральщиком. В одном из трупов был опознан командир «Девятки», в другом – один из краснофлотцев этой же лодки. Возможно, их тела вынесло через пробоину, возможно, они пытались выйти из затонувшей лодки, но погибли.
Из донесения начальника особого отдела Морских сил Балтийского моря от 26 мая 1931 года: «РВС издал секретный приказ всему личному составу. По линии Пубалта проведена соответствующая работа. Отрицательных настроений во флоте в связи с катастрофой нет. Все разговоры сводятся, к сожалению, к вопросам мероприятий по спасению подлодки. Некоторые краснофлотцы бригады подлодок реагируют болезненно в связи с тем, что в числе погибших были близкие товарищи – сослуживцы. Имеется массовый приток заявлений о приеме в партию. Выводы:
1. Виновность гибели лодки целиком лежит на командовании подводной лодки № 4.
2. Команда подводной лодки № 9 геройски вела себя до конца.
3. Все возможные меры касательно спасения лодки приняты.
4. Нездоровых настроений во флоте в связи с катастрофой подводной лодки № 9 нет.
5. Следствие по делу ведется в ударном порядке и будет закончено в ближайшие 2–3 дня».
Из секретного доклада командования Бригады подводных лодок Морских сил Балтийского моря (БПЛ МСБМ) начальнику Особого отдела ОГПУ МСБМ 24 мая 1931 года: «Начальнику Особого отдела Балтфлота и Кронкрепости. Ниже сего представляю материал, связанный с гибелью подводного заградителя № 9 22-го мая 1931 г.
Первая радиограмма с подводного заградителя № 9 на подводный заградитель № 4, который находился в совместном плавании с подводным заградителем № 9, была перехвачена мной в 19 час 37 мин. Содержание радиограммы следующее; «В 19 час 30 мин. мое место: широта – 59°21′ северной и долгота – 27°24′ восточной, следую курсом 266е. Покажите свое место». Из этой радиограммы я устанавливал, что врид. командира 1-го дивизиона подлодок (он же командир подводного заградителя № 9) отпустил подводную лодку № 4 для самостоятельного упражнения и, желая соединиться для дальнейшего