Чтобы противостоять попыткам враждебных России сил расколоть патриотическое движение, которое в то время отождествлялось с «Памятью», сибирские и уральские патриоты провели две конференции (25 июня и 8 октября 1988 г., обе в Челябинске), результатом которых стало образование «Союза патриотических организаций Урала и Сибири» (СПОУС), в который вошли челябинская «Родина», магнитогорское «Встречное движение», новосибирская «Память», свердловское «Отечество», тюменское «Отечество», иркутская «Верность» (в 1989 г. к ним присоединился и алапаевский «Ратобор»). Однако враждебные патриотическому движению силы не прекращали работу по стравливанию руководства «Памяти».
В августе—сентябре 1988 г. происходит конфликт между московским руководством НПФ «Память» и частью Ленинградского отделения. Организаторы митингов в Румянцевском саду Ю. Риверов, Н. Лысенко, В. Антонов, В. Грибанов публично отмежевываются от Васильева. Васильев выпускает против них (а также против своих московских соратников и екатеринбургского «Отечества» Ю. Липатникова) послание под названием «Очищение». Чтобы отличаться от васильевской «Памяти», одна из групп ленинградцев принимает название «Русский национально-патриотический фронт “Память”» (Н. Лысенко, В. Грибанов), другая – «Русский национально-православный центр» (В. Антонов).
Ленинградский совет НПФ «Память» во главе с Н. Ширяевым остается верным Васильеву, но внутри него тоже образовалась группа (Н. Жербин, Д. Демидов), отрицательно настроенная по отношению к московскому руководству и призывавшая к «объединению всех патриотов» – но без Васильева. К началу 1989 Н. Жербин фактически отделился от ширяевского Ленинградского совета НПФ «Память», претендуя на лидерство и предложив проект создания «Всероссийского национально-патриотического фронта» (ВНПФ). Группа Н. Ширяева осталась в рамках васильевской организации, но не порвала окончательно связей с группами Н. Лысенко, Н. Жербина и В. Антонова.
В октябре 1988 г. КГБ организует интригу, в результате которой 25 активистов «Памяти» подписывают «Постановление актива НПФ “Память”». Васильев обвиняется в «бессовестном использовании личных средств и личных услуг членов “Памяти” в личных целях и для личного блага», а также в некоторых других прегрешениях. В результате рядом с «Памятью» Васильева образуется еще одна группа, присвоившая себе название «Память», – группа Н. Филимонова, Н. Антонова, А. Побезинского, А. Казаева, А. Кулакова, С. Воротынцева и др. Группа эта, получившая неофициальное название «Память-4», 12 января 1989 г. выпустила «Манифест НПФ “Память”», а 19 января – обращение «Братья и сестры» с призывом возобновить богослужения