При жизни Сонам Гьяцо и его преемника тибетские военные вожди почувствовали себя слишком ущемленными постоянным ростом власти монашества, требовавшим много времени и денег на строительство монастыря обусловленное возрастающей популярностью духовного образования. На рубеже XVII века начался период смут, поставивший под угрозу судьбу страны. Что было бы, если б сохранившаяся воинственная аристократия свергла власть монастырской иерархии, подобно тому как это произошло в ту же эпоху в Северной Европе, Китае и Японии? Или оставила бы насилие, раз и навсегда сложила оружие и обратилась на путь духовной эволюции?
В 1642 году, почти ровно через тысячу лет после создания храма Чжоканг, Его Святейшество Пятый далай-лама (1617–1682) был провозглашен правителем Тибета и основал Победное правительство дворца Ганден, которое тибетцы до сих пор считают своей законной властью. «Великий Пятый», как его называли, создал уникальную форму власти, хорошо приспособленную для особого тибетского общества. Оно было почти полностью демилитаризовано, признавало ведущую роль монастырской иерархии в жизни народа и отдавало приоритет ненасилию. Аристократия лишилась части своих привилегий, сохранив власть и доходы с части своих наследственных владений как плату за службу правительству Гандена. Она полностью лишилась своих частных ополчений, потеряв феодальную власть над жизнью и смертью своих крестьян, которые до тех пор сильно напоминали крепостных в средневековой Европе или России.
В международном плане автономность и национальную целостность Тибета гарантировала новая династия китайских императоров – маньчжурская. Маньчжуры – это народ тунгусского происхождения, сложившийся в лесистых областях к северу от Кореи. В 1644 году они завоевали Северный Китай и стремились покорить оставшуюся часть Восточной Азии, не встречая серьезных соперников. Из-за своего авторитета у грозных монголов, далай-лама рассматривался как потенциальный союзник нового маньчжурского императора. В 1651 году сложился союз между цинским императором Шунчи и Великим Пятым. Маньчжуры признавали светскую власть далай-ламы над Тибетом и его духовный авторитет в известном им буддийском мире. Далай-лама признавал цинских императоров законными правителями Маньчжурии и