25 июля 1701 г. шведские суда, поднявшие в целях маскировки английские и голландские флаги, подошли к Архангельску. Корабли вели русские лоцманы, захваченные шведами. На следующий день шведские суда вошли в Северную Двину. Один из лоцманов, Иван Рябов, умышленно посадил шведский фрегат на мель как раз напротив Новодвинской крепости. При этом Рябов был ранен, но сумел прыгнуть за борт и доплыть до крепости. Кроме фрегата, на мель села одна яхта. Из крепости по шведам был открыт артиллерийский огонь и отправлен отряд солдат на лодках для захвата судов. Шведы испугались абордажа и, сняв людей с сидевших на мели фрегата и яхты, отправились восвояси.
Поврежденные суда были сняты с мели и уведены на ремонт в Архангельск. Подробных данных об этих трофеях до нас не дошло, но ясно, что это были два малых суденышка. Так, длина фрегата составляла 22 м, ширина – 5,2 м, глубина интрюма – 2,4 м. На обоих судах было всего 13 пушек. Тем не менее Петр был крайне доволен победой. Он писал азовскому губернатору Ф.М. Апраксину: «Зело чудесно… нечаянное счастье… что отразили злобнейших шведов».
После нападения шведов на Архангельск Петр I приказал крепить Кольский острог. К 1704 г. там имелось 59 пушек.
В Архангельске было положено начало строительству русского военного флота. Царь Петр с детских лет мечтал увидеть море и настоящие корабли. Ради этого он в 1693 г. приезжает в Архангельск. По прибытии туда двадцатилетний государь приказывает построить в Соломбале первую в России казенную верфь. В это время в Архангельск прибывают три голландских судна. На одном из них находилось посольство, возглавляемое известным кораблестроителем и владельцем верфи Николаем Витсеном. И царь дает Витсену заказ на строительство в Голландии 44-пушечного фрегата и галеры.
В сентябре 1693 г. Петр лично закладывает в Соломбале первый русский корабль – «Святой Апостол Павел». Корабль имел фрегатское парусное вооружение и 24 пушки малого калибра. Однако размеры его были невелики: длина – 21,3 м, ширина – 3,5 м, так что его, скорее, можно назвать яхтой. Строительством «Св. Апостола Павла» руководил воевода Апраксин, а строили его голландские мастера Никляс и Ян. Корабль был спущен на воду 20 мая 1694 г.
Весной 1694 г. Петр I вновь приехал в Архангельск. 21 июля царь встретил на рейде Архангельска заказанный им Витсену 44-пушечный фрегат «Святое Пророчество». В трюме фрегата в разобранном виде находилась галера. Вместе с галерой прибыли две мачты с реями, парусами и полной оснасткой, якорь с канатом, компас, три мортиры и много ядер. Все это имущество и боеприпасы вместе с частями галеры погрузили на речные суда и отправили в Вологду. По приказу царя в Вологде приготовили двадцать огромных дровней, и сто лучших ямских лошадей