Несмотря на стремление НТС стать некой третьей силой, он всесторонне сотрудничал с немцами, и немецкая военная разведка даже выделяла его среди остальных эмигрантских групп; энтээсовцы наряду с военными активно участвовали в пропаганде и шпионаже на советских территориях, оккупированных немцами[59]. Некоторые члены НТС – как, например, Николай Алферчик (гражданин СССР, завербованный одновременно НТС и СД во время немецкой оккупации Белорусской ССР и позднее обвиненный Советским Союзом в военных преступлениях), – принимали участие и в массовых расправах над евреями и партизанами. Однако в 1944 году стремление НТС к освобождению России привело к конфликту с нацистами. Многих активистов арестовали, и на оккупированных немцами территориях членам союза пришлось уйти в подполье. В ту пору к движению примкнул Юрий Амосов (будущий редактор австралийской газеты НТС «Единение»): в один из последних месяцев войны он приехал из Белграда в Берлин вместе с группой молодых энтээсовцев во главе с Александром Трушновичем (который ненадолго прославится в середине 1950-х, когда его похитят советские агенты)[60].
Несомненно, что в русской эмигрантской среде в Европе лишь меньшинство активно поддерживало политику стран Оси и желало им победы. С другой стороны, среди эмигрантов было довольно мало тех, кто подвергался гонениям со стороны нацистов, – по крайней мере до последних месяцев войны[61]. Большинство, оказавшись под властью немцев, не слишком унывали и думали прежде всего о собственном выживании. Русских, принявших гражданство Германии (среди них был Игорь Сусемиль, выпускник русской гимназии в Берлине), могли наравне с прочими гражданами призвать в ряды вермахта. Ненатурализованным русским, жившим в Германии в пору начала войны, как правило, было легче: например, Алексей Кисляков, учившийся с середины 1930-х годов в Берлинском