Когда бояре увидали, что их надежды обмануты, что новый царь расположен править так же самовластно, как правил Иван Грозный, они решили тайно действовать против него. Русские современники прямо объясняют несчастья Бориса негодованием чиноначальников всей Русской земли, от которых много напастных зол на него восстало. Чуя глухой ропот бояр, Борис принял меры, чтобы оградить себя от их козней. Была сплетена сложная сеть тайного полицейского надзора, в котором главную роль играли боярские холопы, доносившие на своих господ, и выпущенные из тюрем воры, которые, шныряя по московским улицам, подслушивали, что говорили о царе, и хватали каждого, сказавшего неосторожное слово.
Донос и клевета быстро стали страшными общественными язвами: доносили друг на друга люди всех классов, даже духовные; члены семейств боялись говорить друг с другом; страшно было произнести имя царя – сыщик хватал и доставлял в застенок. Доносы сопровождались опалами, пытками, казнями и разорением домов. «Ни при одном государе таких бед не бывало», по замечанию современников. С особенным озлоблением накинулся Борис на значительный боярский кружок с Романовыми во главе, в которых, как в двоюродных братьях царя Федора, видел своих недоброжелателей и соперников. Пятерых Никитичей, их родных и приятелей с женами, детьми, сестрами, племянниками разбросали по отдаленным углам государства, а старшего Никитича, будущего патриарха Филарета, при этом еще и постригли, как и жену его.
Наконец, Борис совсем обезумел, хотел знать домашние помыслы, читать в сердцах и хозяйничать в чужой совести. Он разослал всюду особую молитву, которую во всех домах за трапезой должны были произносить при заздравной чаше за царя и его семейство. Читая эту лицемерную и хвастливую молитву, проникаешься сожалением, до чего может потеряться человек, хотя бы и царь. Всеми этими мерами Борис создал себе ненавистное положение. Боярская знать с вековыми преданиями скрылась по подворьям, усадьбам и дальним тюрьмам. На ее место повылезли из щелей неведомые «Годуновы со товарищи» и завистливой шайкой окружили престол, наполнили двор. На место династии стала родня, главой которой явился земский избранник, превратившийся в мелкодушного полицейского труса. Он спрятался во дворце, редко выходил к народу и не принимал сам челобитных, как это делали прежние цари. Всех подозревая, мучась воспоминаниями и страхами, он показал, что всех боится, как вор, ежеминутно опасающийся быть пойманным, по удачному выражению одного жившего тогда в Москве иностранца.
Наконец, в 1604 г. пошел самый страшный слух. Года три уже в Москве шептали про неведомого человека, называвшего себя царевичем Димитрием. Теперь разнеслась громкая весть, что агенты Годунова промахнулись в Угличе, зарезали подставного ребенка, а настоящий царевич жив и идет из Литвы добывать прародительский престол. Замутились при этих слухах умы у русских людей, и пошла Смута. Царь Борис умер весной 1605 г., потрясенный