Образование оборонительных группировок в условиях господства противника в воздухе и слабой противовоздушной обороны приводило к тому, что войска еще до соприкосновения с ним несли потери и ослаблялись в моральном отношении. Ограниченное количество автотранспорта, перебои в обеспечении горючим также замедляли создание оборонительных группировок. Обстановка зачастую была настолько динамичной, что иногда вынуждала вводить войска в бой по частям, по мере их подхода к линии фронта. В то же время оборонительные группировки создавались за счет перегруппировок внутри фронтов, ввода в сражение и передачи в состав фронтов стратегических резервов, а также за счет перегруппировки войск с других направлений. Так, например, оборонительная группировка в полосе Западного фронта в Белоруссии (22.06. – 10.07.41 г.) в конечном счете была образована из стратегических резервов (37 стрелковых дивизий и два механизированных корпуса) и остатков войск, избежавших окружения в районе Минска[37].
Германская авиация произвела массированные налеты на аэродромы, узлы железных дорог и группировки советских войск, расположенные в приграничной зоне, а также на города Мурманск, Каунас, Минск, Киев, Одесса, Севастополь[38].
Авиация противника меняла приемы борьбы на наших морских сообщениях. Это заставляло соответственно менять и способы действия наших сил при защите своих коммуникаций. В начальный период войны, когда противник основной расчет делал на закупорку наших кораблей минными постановками в базах, авиация неприятеля на наших коммуникациях действовала главным образом одиночными самолетами и только в светлое время суток. Они применяли бомбометание с больших и средних высот с горизонтального полета. Точность такого бомбометания была очень низкой, и наши транспорты, совершавшие самостоятельные переходы без охранения и авиационного прикрытия, как правило, приходили в базы без повреждений[39].
Обычно авиация фронтов наносила удары по наступающим войскам противника, а привлекаемая авиация по более глубоким целям (резервам, объектам тыла, коммуникациям и др.). Взаимодействие с войсками ПВО при проведении оборонительных операций с целью прикрытия крупных военно-политических центров или важных стратегических объектов обычно организовывалось представителем Ставки. Ставка определяла зоны прикрытия для истребительной авиации воздушных армий и для истребительной авиации ПВО страны. Одновременно организовывалось взаимодействие между зенитной артиллерией и истребительной авиацией путем разделения зон боевых действий[40].
Осенью 1941 года на основании постановления Государственного Комитета Обороны (от 9 ноября) создаются специальные Войска ПВО на территории страны. В