1494 – с помощью швейцарских наемников Карл VIII завоевал Неаполь.
1499, 20 января – начало Швабской войны между Швабским союзом и Швейцарским союзом.
1499, 22 сентября – Базельский мирный договор, заключенный между Швейцарией и Священной Римской империей и оформивший итоги Швабской войны. Фактически он установил независимость Швейцарии от Священной Римской империи.
1500 – с помощью швейцарских наемников Людовик XII завоевал Милан.
1501 – присоединение к Швейцарскому союзу Базеля и Шаффхаузена.
1515, 14 сентября – битва при Мариньяно. Победа войск короля Франциска I над швейцарцами. Переход Милана под контроль короля Франции.
1519 – Ульрих Цвингли начал в Цюрихе свою реформаторскую деятельность.
1521 – союз швейцарских кантонов (без Цюриха) с Францией по поводу поставки наемников.
1526 – Женева, Берн и Фрибур заключили оборонительный союз.
1528 – Берн принял реформацию, за ним последовал Базель, где одно время жил и проповедовал Кальвин.
1529 – религиозный спор вызвал войну. Цюрих, Берг, Санкт-Галлен, Биль, Мюльгаузен, Базель и Шаффхаузен заключили союз. Против него встал союз 5 католических кантонов с Вале и Австрией. Эта первая религиозная война окончилась победой протестантов, за которой последовал мир в Каппеле (отсюда выражение «Первая каппельская война»).
1530 – Савойский герцог Карл III был вынужден признать независимость Женевы.
1531, 11 октября – Вторая каппельская война. Сражение на Каппельской равнине между цюрихцами и войсками католических кантонов: цюрихцы были разбиты наголову, а Ульрих Цвингли убит.
1549 – соглашение между последователем Цвингли Генрихом Буллингером и Жаном Кальвином в Женеве, достигнуто соединение французской и немецкой реформатских церквей.
1565 – союз пяти кантонов с римским папой Пием IV.
1584 – Цюрих и Берн заключили с Женевой соглашение о взаимной обороне.
1586 – семь католических кантонов (четыре лесных, Цуг, Фрибур и Золотурн) заключили «Золотой союз», названный так по золоченым заглавным буквам грамоты, обязывавший его членов защищать католицизм внутри каждого кантона, в случае надобности – силой оружия. По сути, Швейцарский союз вследствие этого распался.
1597 – Аппенцелль распался на католический полукантон Иннерроден и реформатский кантон Аусерроден.
1648, октябрь – признание политической самостоятельности Швейцарии Вестфальским мирным договором, завершившим Тридцатилетнюю войну.
1656, январь – Первая Вильмергенская война между протестантскими кантонами Берн и Цюрих и католическими кантонами (Швиц, Ури, Унтервальден и др.).
1656, 7 марта – мир, заключенный в Бадене, фактически