Несмотря на то, Стефан упорно требовал увольнения от должности, отпуска на родину, представляя свои немощи; но ему, как человеку скрытному, непрямому, не верили, предполагали, что он чем-то недоволен, что ему чего-то хочется, что если бы, например, его сделали патриархом, то он бы не пошел на покой. В 1706 году Яворский был в Киеве вместе с государем и стал проситься, чтоб его там оставили, не возвращали в Москву; Петр отказал и уехал; тогда Яворский приступил к оставшемуся в Киеве боярину Стрешневу с слезною просьбою о том же. «Был я у него не один раз, – писал Стрешнев царю, – и много было с ним разговоров: и милостью твоею я его обнадеживал, и гневом грозил; наконец он решился выехать из Киева и выехал, никому не сказавшись; даже в том монастыре, где жил, не ведали. Просил он у меня, чтобы гневу твоего на него не было за усильные его просьбы; я ему сказал: твои были большие просьбы, и государево изволение – велено ехать; ты так и сделал, и потому гнева государева на тебя нет и милость государева к тебе по-прежнему не умалится».
Милость государева не умалилась по-прежнему, но и поводы к неудовольствию оставались прежние, а Яворский не имел духу отстранить их откровенным объяснением; только сердился втихомолку да просился на покой. Неприятно блюстителю патриаршего престола, когда царица Марфа Матвеевна пришлет сказать ему, что в Архангельском соборе дьяконы кидают в священников воском; Стефан велит наказать виновных, посадить в заключение, а тут царица опять присылает, чтоб освободить их. Но это еще ничего, по крайней мере царица; но нестерпимо то, что боярин Мусин-Пушкин поставлен каким-то помощником, товарищем блюстителю патриаршего